Biopython の Phylo パッケージを使用して系統樹を作成しています。
大きな木の場合、葉ノードのフォントサイズを小さくする必要があります。matplotlib.pyplot.rcParams['font.size'] を変更することが提案されていますが、Phylo は独自のフォント サイズを定義しているため、軸の名前とタイトルを変更することしかできません。大学で使用しているため、Phylo のソース コードを変更できません。Phylo.draw() は独自のものを作成するため、図または軸の定義はオプションではありません。
おそらくy軸を伸ばすなど、問題を解決する方法について何か提案はありますか?
これまでのところ、次のコードを使用してツリーを生成していました。
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO
def plot_tree(treedata, output_file):
handle = StringIO(treedata) # parse the newick string
tree = Phylo.read(handle, "newick")
matplotlib.rc('font', size=6)
Phylo.draw(tree)
plt.savefig(output_file)
return