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同じ分子の複数の配座異性体を含む .pdb ファイルがあります。ここで、これらの配座異性体のそれぞれを個別の .xyz ファイルに変換したいと考えています。open babel ヘルプによると、これは-mオプションで実行できます。

-m Produces multiple output files, to allow:
   Splitting: e.g.        babel infile.mol new.smi -m
    puts each molecule into new1.smi new2.smi etc
   Batch conversion: e.g. babel *.mol -osmi -m
    converts each input file to a .smi file

ただし、これは最初のジオメトリのみを変換してから停止します。

babel -ipdb confs.pdb -oxyz test.xyz -m
  1 molecule converted
  14 audit log messages

(Ubuntu および OSX で open babel 2.3.2 をテスト済み)

それを修正する方法、または代わりに使用するプログラムはありますか?

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次の Linux コマンドを使用して、pdb ファイルを分割します。

grep -n 'MODEL\|ENDMDL' models.pdb | cut -d: -f 1 | \
 awk '{if(NR%2) printf "sed -n %d,",$1+1; else printf "%dp models.pdb > model_%03d.pdb\n", $1-1,NR/2;}' |  bash -sf

入力ファイルは models.pdb で、分割ファイルは model_0001.pdb、model_0002.pdb などの名前になります。

詳細はこちら: https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php/Split_NMR-style_multiple_model_pdb_files_into_individual_models

于 2020-08-25T15:52:48.143 に答える