問題タブ [openbabel]

私はPythonを初めて使用し、ネストされたループを特徴とする次のテストコードを持っており、予期しないリストが生成されています:

基本的に、リスト「検索」は、いくつかの分子で一致させようとしているいくつかの文字列であり、pybel ソフトウェアを使用して allmol に含まれるすべての分子の両方の文字列を反復処理したいと考えています。しかし、私が得る結果は次のとおりです。

私を台無しにしていて、それらがどこから来ているのかわかりません。これらは "\n" の後に表示されるため、smarts.findall() のアーティファクトではありません。私は何を間違っていますか？助けてくれてありがとう。

ファイルを解析してディスクに出力を生成し、出力されたファイルにリンクしているWebページを返すPythonスクリプトがあります。HTMLフォームから投稿されたファイルで実行すると、HTML出力が返されず、500エラーページとerror_logに次の行が含まれます。

[Mon Apr 19 15:03:23 2010] [error] [client xxx.xxx.121.79]スクリプトヘッダーの早期終了：uploadcml.py、リファラー：http ://xxx.ch.cam.ac.uk:9000/

ただし、スクリプトが保存する必要のあるファイルは実際にディスクに保存されます。

引数なしで実行すると、スクリプトはファイルが解析されなかったことを示す正しいHTMLを返します。

スクリプトヘッダーの早期終了についてWebで見つけたすべての情報は、ヘッダーがないか、Pythonスクリプトのアクセス許可がないことが原因であると示唆していますが、どちらも私には当てはまりません。

スクリプトの最初の行は次のとおりです。

したがって、実行時にヘッダーの出力に失敗する方法はわかりません。解析するファイルなしで実行するとヘッダーを出力しますが、ファイルを指定するとエラーが発生します（ただし、ファイルを解析して出力を保存します）ディスクに！）。

誰かがこれがどのように起こっているのか、そしてそれを修正するために何ができるのか知っていますか？

ファイルのさまざまな場所に間違ってインデントされたジブリッシュ（foobarなど）を追加しようとしましたが、これにより、スクリプトの最後の行であっても、error_logにインデントエラーが追加されます。ただし、時期尚早のスクリプトヘッダーエラーは残ります。これは、スクリプトが最後まで実行されていることを意味しますか？

[編集]なんとか動作させることができました。SWIGを介した外部C++ライブラリへの呼び出しの1つが失敗したようですが、有用なエラーメッセージは生成されませんでした。これで問題が修正され、スクリプトが正しく機能するようになりました。

一部のリモートライブラリ呼び出しが失敗したときに、error_logの唯一のエラーがスクリプトヘッダーに関するものであったことは驚くべきことです。Python以外のコードを呼び出すことの危険性があると思いますか？[/編集]

Windowsアプリケーションで化学構造図を表現したいと思います。「BKChem」、「Metlab」、「ChemDraw」、「SMILE（簡略化された分子入力行入力仕様）」、「BioChemDraw」などのソフトウェアが市場で入手可能であることがわかりました。残念ながら、ドットネットを使用した上記のプラグイン/APIが見つかりません。お知らせください。これは今のところ私にとって非常に優先度が高いです。

トキシコロジー マッピング プロジェクトの一環として Travis CI を使用しています。このプロジェクトでは、依存関係として python-openbabel が必要です。そのため、以下に示す apt-get インストーラーを .travis.yml ファイルに追加しました (コメントは削除されました)。

ただし、これらの試行はすべて失敗し、エラー メッセージが表示されError: SWIG failed. Is Open Babel installed?ました。インストールするアプリケーションのリストに SWIG を追加しようとしましたが、役に立ちませんでした。

さらに、Openbabel 自体によって提案されたビルド プロセス全体を追加しようとしました。これにより、次の travis.yml が生成されます。

ダウンロードしたファイルを解凍しようとすると、これは失敗します。

失敗したビルドはすべて Travis-CI で確認できます: https://travis-ci.org/ToxProject/ToxProject
Github リポジトリはこちら: https://github.com/ToxProject/ToxProject

python-openbabel簡単に言うと、Travis-CI を使用するにはどうすればよいですか?

openbabel ライブラリを使用していくつかのプログラムを作成しようとしています。そのうちの 1 つは、sdf ファイルからデータを抽出する単純なプログラムです。しかし、私が持っている FormatFromExt 関数の 1 つが機能していません。関数呼び出しは、渡した入力パラメーターに関係なく NULL を返します。

このクラスの他のメソッドである OBConversion も 、 、 などの NULL をSetInfFormat返しFindFormatますRead。

argv[1] が実際に入力ファイルのパスを保持していること、およびファイルに openbabel ライブラリの有効な拡張子があることを確認しました。また、必要なすべてのヘッダー ファイルをインクルードしています。あるマシンでは、このコードは完全に機能します。一方、メソッドは失敗します。プログラムは両方で完全にコンパイルされます。このようなことが起こる原因は何ですか？

私が使用している openbabel ライブラリは、共有オブジェクト ファイルです。

同じ分子の複数の配座異性体を含む .pdb ファイルがあります。ここで、これらの配座異性体のそれぞれを個別の .xyz ファイルに変換したいと考えています。open babel ヘルプによると、これは-mオプションで実行できます。

ただし、これは最初のジオメトリのみを変換してから停止します。

(Ubuntu および OSX で open babel 2.3.2 をテスト済み)

それを修正する方法、または代わりに使用するプログラムはありますか?

化合物の笑顔を使って指紋を採取したいです。私はしましたが、問題は、リストの長さを計算できるように、より高いビットとリスト形式で取得したいことです。この場合、クラスを取得するだけです。pybelを使用したpythonの解決策はありますか? 私はこれをしましたが、書くlen(fps[0])とエラーが発生します

お客様が画像を生成するためにこれを使用していますが、画像を迂回して提供する必要があります。OpenBabel が自動的にリダイレクトできる Stream を提供してくれるといいですね。

ジラです。「mol」形式の化学構造のファイルを「smiles」形式のファイルに変換するために、C ++でbabelを実装しようとしています。openbabel のドキュメント ( http://openbabel.org/docs/dev/UseTheLibrary/CppExamples.html ) で提供されているものと同様のコードを次のように記述しました。

しかし、それは常に印刷されます

空のファイル「a.smi」を返します。

ただし、コマンドラインでbabelを実装すると、たとえば

それは正常に動作します。

この種のエラーを経験したことがある人がいるか、どのように解決したかを尋ねたいと思います。ドキュメントに記載されているすべてのことに従っているため、このエラーの理由がわかりません。

事前にどうもありがとうございました。

ジラ