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BLAST プログラム DIAMOND を使用して BLAST を自動的に実行する Python スクリプトを作成しています。スクリプトは、Ubuntu 14.04 のターミナルでコマンドを実行します。

私のPythonスクリプトは次のとおりです。

import subprocess

data_location = "/home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/data_course_4/"
input_fasta_file = "@HWI-M02942_file1.fasta"
diamond_temp_dir = "/home/markschuurman/Desktop/DIAMOND_temp_dir/"
diamond_blast_database_location = "/home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/DIAMOND_BLAST_databases/"
diamond_blast_output_file_directory = "/home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/output_files/"
diamond_blast_output_filemame_daa = "matches.daa"
diamond_blast_output_filemame_tsv = "matches.tsv"

max_hits_per_read = "5"
max_evalue = "10"

commands = ["cd " + data_location,
            "diamond blastx -d " + diamond_blast_database_location + "tcdb -q " + input_fasta_file + " -a " + diamond_blast_output_file_directory + diamond_blast_output_filemame_daa + " -t " + diamond_temp_dir + " -k " + max_hits_per_read + " -e " + max_evalue,
            "diamond view -a " + diamond_blast_output_file_directory + diamond_blast_output_filemame_daa + " -o " + diamond_blast_output_file_directory + diamond_blast_output_filemame_tsv]

for command in commands:

    print "Command : " + command
    p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, shell=True)

    p_status = p.wait()

    print "Command finished"

スクリプトは、正しいファイル パスとファイル名を変数に割り当てた後、実行するコマンドを作成します。

このスクリプトを実行しようとすると、次のエラーが表示されます。

/usr/bin/python2.7 /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/scripts_to_parse_DIAMOND_output/execute_DIAMOND_BLAST.py
Command : cd /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/data_course_4/
Command finished
Command : diamond blastx -d /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/DIAMOND_BLAST_databases/tcdb -q @HWI-M02942_file1.fasta -a /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/output_files/matches.daa -t /home/markschuurman/Desktop/DIAMOND_temp_dir/ -k 5 -e 10
Error: function Input_stream::Input_stream(const string&, bool) line 63. Error opening file @HWI-M02942_file1.fasta
Command finished
Command : diamond view -a /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/output_files/matches.daa -o /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/output_files/matches.tsv
Error: function Input_stream::Input_stream(const string&, bool) line 75. Error opening file /home/markschuurman/Desktop/Onderzoek_BioCentre/BLAST_with_DIAMOND/output_files/matches.daa
Command finished

20行目に出力されたコマンドをターミナルで個別に実行すると、エラーは発生せず、BLASTアプリケーションの出力は正しいため、コマンドが正しいと確信しています。

ターミナルで個別にではなく、この Python スクリプトでコマンドを実行しているときにこのエラーが発生する理由と、このエラーを解決する方法を教えてください。

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ここでの問題は、subprocess.Popen() が、コマンドの実行が完了すると終了する別のプロセスでコマンドを実行することです。cdコマンドとdiamondコマンドは別々のプロセスで実行されます。

これは、コマンドを実行したディレクトリdiamondを探していることを意味します。@HWI-M02942_file1.fasta

ここで絶対パスを単純に使用するソリューションは、おそらく最も簡単です。

于 2015-04-28T05:33:31.760 に答える