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「pheatmap」パッケージを使用してヒートマップを描画し、行と列でクラスタ化します。ただし、何らかの理由で、ヒートマップで行の順序と列の順序を取得する必要があります。それを行う便利な方法はありますか？これは pheatmap の例です。

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

pheatmap(test)
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私は自分自身で答えを得ます。

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

myheatmap <- pheatmap(test);
myheatmap$tree_row$order
#1  7  3  5  8  2 10  9  4  6 13 12 11 14 17 20 16 18 15 19
于 2015-04-28T13:05:24.383 に答える