質問1：
私は以下を実行しています：
blast-2.2.26/bin/blastpgp -i protein.fasta -j 5 -o file -d nr
ここで、 protein.fasta は単一のタンパク質配列を含む fasta ファイルです。これは出力を生成せず、-o ファイルは空です。
質問2：
私は正常に使用できました：
blast-2.2.26/bin/formatdb -i family_of_proteins.fas -o T -s T
データベースファイルを作成します。ただし、これにより複数のファイル、.phr、.pin、.psd、.psi、.psq が作成されました。自分のデータベースを使用するには、これらのどれを -d フラグで渡す必要がありますか?
ありがとうございました！