fasta ファイルから DNA 配列を抽出する方法を教えてください。bedtools と samtools を試しました。Bedtools getfasta はうまくいきましたが、一部のファイルで「警告: fasta ファイルに染色体が見つかりませんでした」というメッセージが返されましたが、実際には、bed ファイルと fasta の染色体名はまったく同じです。Pythonがこのタスクを実行できる他の代替手段を探しています。
ベッドファイル：CHR1
：117223140-117223856 3 7
CHR1：117223140-117223856 5 9 FASTA FILE ：> CHR1 ：117223140-117223856 CGCGTGGCCTAGGGCTAGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTGGGCTAGGGCTAGCCCCCCC
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bedtools で使用するには、ベッドファイルをタブで区切る必要があります。コロン、ダッシュ、およびスペースをタブに置き換えます。
BedTools のドキュメント ページには、「bedtools では、すべての BED 入力ファイル (および stdin から受信した入力) がタブ区切りである必要がある」と記載されています。ベッドツール.
于 2016-02-05T01:20:21.463 に答える