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BEDファイルをWIGに簡単に（Rまたは他のプログラムで）変換する方法を知っていますか？

ガイドラインを教えてください。

fasta ファイルから DNA 配列を抽出する方法を教えてください。bedtools と samtools を試しました。Bedtools getfasta はうまくいきましたが、一部のファイルで「警告: fasta ファイルに染色体が見つかりませんでした」というメッセージが返されましたが、実際には、bed ファイルと fasta の染色体名はまったく同じです。Pythonがこのタスクを実行できる他の代替手段を探しています。

ベッドファイル：CHR1
：117223140-117223856 3 7
CHR1：117223140-117223856 5 9 FASTA FILE ：> CHR1 ：117223140-117223856 CGCGTGGCCTAGGGCTAGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTGGGCTAGGGCTAGCCCCCCC

重複領域を見つけるために、複数のベッド ファイルを処理したいと考えています。データ セットをデータ フレームとして読み取ります。オーバーラップ領域が発生した場所を検出するために、2 つのデータ セットを並行して効率的にスキャンするにはどうすればよいですか。私のアプローチは、データフレームオブジェクトの各セルのピーク領域をクエリとして取得し、intervaltree の別のデータフレームのすべての行のピーク領域を取得してから、重複領域を検索するたびです。R でこれを実装する方法がわかりません。バイオインフォマティクスでのベッド形式ファイルの処理について助けてください。誰かがこれを行う方法を私に指摘してくれれば感謝します...

これは私が達成したいことの簡単な例です:

かなり単純な操作を実行しようとしていますが、わかりません。R にインポートした特定の BED ファイルのすべての間隔の平均間隔長を取得しようとしています。この BED ファイルには重複する間隔は含まれていません。ファイルは次のようになります。

任意の操作がranges列に適用されます

バイオインフォマティクス プロジェクトでは、.BED ファイルを pandas データフレームに読み込みたいのですが、その方法と必要なツール/プログラムがわかりません。Python 3.7（Anacondaディストリビューション）を使用してwindows10に取り組んでいるため、インターネットで見つけたものは実際には当てはまりませんでした。

どんな助けでも大歓迎です。