0

Vegan R パッケージで実行される CCA プロットをカスタマイズしようとしています。この分析を実行するために、底生被覆マトリックス (%) と魚の存在量マトリックス (個体数) を使用しました。2 年間で 4 つのサンゴ礁でデータを収集しました。サイトのドットをさまざまな色 (サンゴ礁のサイトの場合) と形 (年)、魚種をテキスト、ベントスを矢印で表示したいと考えています。ggplot でほぼ手動で実行しましたが、矢印の長さが間違っているようです。私のプロットを「autoplot」および「plot.cca」で生成されたプロットと比較すると、矢印が短すぎます。私の質問は、どうすればこの問題を解決できますか?

このリンクから「benthos」と「fish」のデータフレームをコピーしてください: http://pedromeirelles.com.br/blog )。図 (ggvegan、cca.plot、ggplot) もこのリンクにあります。ここではまだ画像を公開できません。データフレームが大きすぎます。この不便をおかけして申し訳ありません。

事前にどうもありがとうございました。

以下は、プロットを描くために使用したスクリプトです。

ggplot 手動描画

library("ggplot2")
library("vegan")
library("grid")
library("ggvegan")

benthos <- please copy this dataframe from the link above
fish <- please copy this dataframe from the link above
attach(fish)
fish.num<-fish[,3:ncol(fish)]
benthos.num <-benthos[,3:ncol(benthos)] 

mod <- cca(fish.num, benthos.num)

cca.res<-summary(mod)
cca.sites <-data.frame(cca.res$sites)
ord_df<-data.frame(Site=Site,Year=Year,CCA1=cca.sites$CCA1,CCA2=cca.sites$CCA2)
ord_df$Year <- factor(ord_df$Year)
ord_df$Site <- factor(ord_df$Site)
exp<-cca.res$concont
exp<-data.frame(exp$importance)
cca.species<-data.frame(cca.res$species)
cca.species<-data.frame(Cca1=cca.species$CCA1,Cca2=cca.species$CCA2,species=rownames(cca.species))
cca.benthos<-data.frame(cca.res$biplot)
cca.benthos<-data.frame(cca1=cca.benthos$CCA1,cca2=cca.benthos$CCA2, Species = rownames(cca.benthos))

ggplot(ord_df) +
  geom_point(mapping = aes(x=CCA1, y=CCA2, color=Site, shape=Year),size = 4)+
  geom_text(data = cca.species, 
        aes(x = Cca1, y = Cca2, label = species),
        size = 3,alpha=0.4,colour = "darkred") +
  geom_segment(data = cca.benthos,
           aes(x = 0, xend = cca1, y = 0, yend = cca2),
           arrow = arrow(length = unit(0.5, "cm")), size=1, colour = "grey") +
  geom_text(data = cca.benthos, 
        aes(x = cca1*1.5, y = cca2*1.5, label = Species),
        size = 5) +
  labs(list(title = NULL, x = paste("CCA1 (",round(exp[2,1]*100,digits=2),"%)"), y = paste("CCA2 (",round(exp[2,2]*100,digits=2),"%)"))) +
  geom_hline(yintercept = 0, colour = "gray70") +
  geom_vline(xintercept = 0, colour = "gray70") +
  scale_colour_manual(values=c("#43CD80","#9400D3","steelblue3","#DEB887"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.border = element_rect(colour = "white", size=1))+
  theme(legend.key=element_rect(fill='white'))+
  theme(legend.key = element_rect(colour = "white"))+

  theme(axis.title.x = element_text(face="bold", size=14))+
  theme(axis.title.y = element_text(face="bold", size=14))+
  theme(axis.text.x = element_text(size=14,color="black"))+
  theme(axis.text.y = element_text(size=14,color="black"))+
  theme(axis.line.x=element_blank())+
  theme(axis.line.y=element_blank())+
  theme(
panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank())

ggvegen オートプロット

autoplot(mod)

プロット.cca

plot(mod, type="n")
text(mod, dis="bp")
points(mod, display="sites",pch=21, col="red", bg="yellow", cex=1.2)
text(mod, "species", col="blue", cex=0.8)
text(mod, display = "sites", cex=0.7, col="red")

データ プロット入力の違いを見つけることができませんでした

fdat <- fortify(mod)
fdat
cca.benthos
vegan::scores(mod, display = "bp")
4

1 に答える 1

1

プロット ウィンドウに合わせて矢印を拡大縮小する手順がplot.cca()ありません。autoplot.cca()これは で行われplot.cca()、ggveganautoplot.cca() 0.0-3 よりも前に、ユーティリティ関数を介して行われました。ordiArrowMul()

veganのバージョン 2.3-0 以降、この関数はveganからエクスポートされます。ただし、基本グラフィックスからの情報を使用してスケーリングを行います。したがって、ggvegan のバージョン 0.0-3 からは、エクスポートされていない関数ggvegan:::arrowMul()ordiArrowMul()があり、現在のプロット制限ではなく、データから同じ仕事をします。(この関数の将来のバージョンでは、ベース プロットを変更xlimした場合にプロットの制限を設定できるようにする予定です。)ylim

あなたはただできるはずです

mul <- ggvegan:::arrowMul(cca.res$biplot,
                          rbind(cca.sites, cca.species))
cca.benthos <- data.frame(cca.res$biplot * mul)

(テストされておらず、私はその日のうちに出発しようとしています。動作しない場合はコメントを投稿してください。後で詳しく調べます。)

于 2015-05-31T17:46:58.240 に答える