私はRが初めてで、dist()とhclust()を使用して水平および垂直のラベル付きデンドログラムを構築しようとしています。6 つの異なるタイプを作成しましたが、ラベルを追加できないようです。誰か提案があればありがとう。
as.dendrogram()、colnames()、rownames()、および label() を使用して、これらのデンドログラムにラベルを付けるさまざまな方法を試しましたが、成功しませんでした。ただし、出力デンドログラムには意味のないラベルが付いています。「ファミリー」 - 「X22」、「X4」、「X75」、「X87」でデンドログラムにラベルを付けようとしています。以下は、無駄に適用されたさまざまな方法です。
データフレームは次のとおりです。
Family SBI.CV.mean
1 X22 59.25926
2 X4 57.40741
3 X75 56.19918
4 X87 59.97886
library(dendextend)
family1$Family <- as.factor(family1$Family)
class(family1$Family)
str(family1)
family2 <- ddply(family1,.(Family), summarise,
SBI.CV.mean = mean(SBI.CV))
family2
class(family2)
par(mfrow = c(3,3))
x_dist <- dist(x=family2$SBI.CV, method="euclidean")
x_dist
class(x_dist)
x_dist <- read.table(header=T, text=c("X22", "X4", "X75", "X87"))
x_dist2=as.matrix(x_dist2, labels=TRUE,)
colnames(x_dist) <- rownames(x_dist) <- x_dist2[["X22","X4","X75","X87"]]
x_dist2
このコードは、この行列を生成します。ただし、表記はありません
1 2 3
2 1.851852
3 3.060077 1.208225
4 0.719598 2.571450 3.779675
これらは、ラベルを追加する私の試みです
require(graphics)
labs=paste(c("X22", "X4", "X75", "X87"), 1:4, sep="")
x_dist2 <- x_dist
x_dist2
colnames(x_dist2) <- labs
Dendro.data <- hclust(dist(x_dist2), "euclidean")
plot(as.dendrogram(Dendro.data), horiz=T)
require(graphics)
labs=paste(c("X22", "X4", "X75", "X87"), 1:4, sep="")
x_dist3 <- x_dist
colnames(x_dist3) <- labs
Dendro.data <- hclust(dist(x_dist3), "ave")
plot(as.dendrogram(x_dist3), hang=-1)
str(Dendro.data)
hc <- hclust(dist(family2$SBI.CV), "ave")
plot(hc)
plot(as.dendrogram(hc, hang=0.02), horiz = TRUE)
dend1 <- as.dendrogram(Dendro.data)
dend1
dend1_mod_01 <- dend1
dend1_mod_01 <- colour_branches(dend1_mod_01, k=2)
col_for_labels <- c("purple","purple","orange","purple",
"orange","dark green")
dend_mod_01 <- color_labels(dend1_mod_01,col=col_for_labels)
plot(Dendro.data)
plot(dend1_mod_01)