次のコードを使用して、ファイルから newick 文字列をロードしようとしています。
filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk"
tt = Tree(filename, format=1)
しかし、次のエラーが発生します:
tt = Tree(filename, format=1) # Loads a tree structure from a newick string. The returned variable tt is the root node for the tree.
File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/coretype/tree.py", line 225, in __init__
read_newick(newick, root_node = self, format=format)
File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 237, in read_newick
'Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.'
ete2.parser.newick.NewickError: Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.
ファイル形式を確認しましたが、問題ありません。変数を間違った方法で渡していると思います。ファイル名を変数として渡すように教えてください。
変数を使用せずにファイル名を文字列として渡すと正常に動作しますが、変数値を使用してツリーをロードする必要があります。