問題タブ [etetoolkit]

次のコマンドを実行して作成されたベクトルのリストがあります。

ここで、document_listは、私が分析しているWebドキュメントのコレクションです。次に、階層的クラスタリングを実行します。

これにより、次のようなndarrayが生成されます。

このndarrayをete2Tree（）コンストラクターに渡すことができるnewick文字列に変換して、ete2が提供するツールを使用してnewickツリーを描画および操作できるようにすることは可能ですか？

これを試してみるのも理にかなっていますか？そうでない場合は、同じデータとete2を使用してツリー/樹状図を生成できる別の方法があります（dendropyやhcluster自体などの樹状図を描画できる他のパッケージがあることを認識していますがete2をすべて同じように使用したいですか）？

ありがとう！

Djangoフレームワークを使用して WebApplication を構築しています。サーバー側では、ブラウザを使用してユーザーからの入力に応じてete2 ツリーを構築しています。今私の問題は、このツリーをクライアント側（ブラウザ）で各ノードをハイパーリンクとしてツリー形式で表示する必要があることです（ツリー形式で表示されたノードをクリックすると、ノード名をパラメーターとして渡すサーバー側で関数を呼び出す必要があります。ハイパーリンクとして表示されます)。

私の頭に浮かんだ1つの解決策は、ビュー関数でete2.treeを解析し、必要なすべてのhtmlタグを含む文字列を作成することです。これは、ブラウザに表示すると次のようになります。

これを行うコード: from ete2 import Tree

それを行うより良い方法はありますか？任意の提案をお願いします..

以下のHTMLテーブルに対して1つの解析ツリーを構成しようとしましたが、それを形成できませんでした。ツリー構造がどのように見えるかを確認したいのですが、誰かがここで私を助けてくれますか？

編集

Python で ete2 ソフトウェアを使用して、系統樹のノードにさまざまな画像を追加しようとしましたが、成功しませんでした。

これらは私が得ているエラーメッセージです:

どんな助けでも大歓迎です！

特定のツリー ファイルから一連のノードを削除しようとしています。

これは私のコードです: `

arthropods.nw は newick ツリー ファイルで、これは抽出されたものです。

taxidMap.txt :

問題は、「削除された」リストを印刷すると、リストが表示されず、ツリー内のノードの数がまだ入力ファイル内の名前の数よりも多いことに気付きますか？前もって感謝します

私には奇妙すぎると思われる問題があります。

私はこのnewickツリーを持っています:

ETEを使用して読み取ろうとすると：

すべてが正常に機能しますが、分岐させたいので、新しいツリーは次のようになります。

そして今、私は上記と同じ構文を使用してそれを読み取ろうとします:

このエラーが発生しました：

これは私を本当に夢中にさせています。誰でもこれを手伝ってくれますか?

すべてのノードが x、y 座標のペアであるツリーを格納してから操作 (新しいノードの追加、検索など) する必要があります。ツリーで動作する ete2 モジュールを見つけましたが、ノードをタプルまたは座標のリストとして保存する方法がわかりません。ete2で可能ですか？

編集：

ここのチュートリアルに従いましたhttp://pythonhosted.org/ete2/tutorial/tutorial_trees.html#trees 単純なツリーを作成するには:

ここで、A、B、C はノードの名前で、数字は距離です。

また

名前や距離は必要ありませんが、次のようなタプルまたはリストのツリーが必要です。

しかし、最後の入力は構文エラーを返します。ete2 に関するチュートリアルでは、同様の例が見つかりませんでした。バリアントとして、座標を属性として保存できると思いますが、属性は文字列として保存されます。私は座標で操作する必要があり、文字列から浮動小数点数、またはその逆にトラバースするのは毎回難しいです。

2 本の木の間の距離を計算するプログラムを書きました。木はすでに根付いています。

ツリーが同じルートまたはアウトグループに根ざしていることを確認したいと思います。

私の知る限り、ete2 ではルートを設定することしかできませんが、ルートを見つけて、同じツリー上の他のツリーをルート化することはできません。

1 つのツリーでルートを検索し、別のツリーで同じルートを設定したいと考えています。したがって、木は同じように根を張っています。

したがって、t1 では、ツリーは b と c で終わるアウトグループに根ざしています。このアウトグループとルート t2 を同じグループに所属させたいと考えています。

ツリーのルートが同じであることを確認する可能性があるかどうかは誰にもわかりませんか? または、別のパッケージにそのようなメソッドが含まれていますか?