Pymol を使用して、分子表現用の pdb ファイルをロードしています。PyMol python ライブラリを使用して、シリンダーをcgo(コンパイルされたグラフィックス) オブジェクトとして作成しています。
コード例は次のとおりです。
import pymol
from pymol.cgo import *
import sys
pymol.pymol_argv = ['pymol', ''] + sys.argv[1:]
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.load('1V6R.pdb') # This is a pdb protein file.
cyl = [CYLINDER,x1,y1,z1,x2,y2,z2,radius,r1,g1,b1,r2,g2,b2]
pymol.cmd.load_cgo(cyl, 'cylinder')
pymol.cmd.hide(representation='everything', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0])
pymol.cmd.show(representation='ribbon', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0]))
pymol.cmd.orient()
この python スクリプトを実行した後、PyMol は次の表現で開きます。
上の画像では、プロテイン リボン (緑) が pdb ファイルから読み込まれ、シリンダー (白) がcgoシリンダー オブジェクトです。
私が欲しいのは、表現に破線を追加するスクリプトを作成できるようにすることですが、破線の場合はないようですcgo。最悪のシナリオでは、同じ「レイ」上に多数の円柱をスクリプト化し、それを破線と呼ぶ必要があることがわかりましたが、明らかに簡単な方法を好むでしょう。
PyMol python スクリプトを使用して破線を表す方法はありますか?