私の質問は、igraph および tcltk パッケージを使用して R でプロットすることに関するものです。Mac OS X 10.10 用の XQuartz を含め、すべてをインストールしました。プロットしようとすると、最初に対話型ウィンドウが起動しますが、すぐにエラー " 1 1" でクラッシュします。誰もこれを持っていましたか?これが Mac の問題なのか、一般的に R の問題なのかはわかりません。「プロット」のみを使用して、つまりインタラクティブに(「tkplot」ではなく)プロットすると、機能します。
基本的に、このネットワークをインタラクティブにプロットしたいので、頂点とエッジをドラッグしてプロットを改善できます(これは、「tkplot」の代わりに「plot」を実行した場合のスクリプトの出力です):
PS: 私の R のバージョンは 3.2.1、igraph のバージョンは 1.0.1 です。
PPS:ターミナルで「Rscript script.r」コマンドを使用してこのスクリプトを実行しています。
これが私のコードです:
library(tcltk)
library(igraph)
el=read.table("myfilename")
el[,1]=as.character(el[,1])
el[,2]=as.character(el[,2])
el=as.matrix(el)
g=graph.edgelist(el[,1:2])
E(g)$weight=as.numeric(el[,3])
V(g)$size=degree(g)*2
V(g)$color <- "white"
E(g)$color <- "black"
a=read.table("somenamesfile",header=TRUE)
V(g)$group=as.character(a$group[match(V(g)$name,a$number)])
tkplot(g,layout=layout.fruchterman.reingold,edge.width=E(g)$weight*300,edge.arrow.size=0.0,vertex.label=V(g)$group)