ドキュメントを数回読み、数時間かけてさまざまなアイデアを試した結果、誰かが必要だと判断しました。私は RADA タンパク質の NAMD シミュレーションをステップ実行し、関心のあるさまざまな値を計算する Python ソフトウェアを作成しています。
現在、私のコードは各時間ステップをステップ実行してから、システム内の各原子をステップ実行して、さまざまな分析ステップを実行しています。
私ができる必要があるのは、各アミノ酸を独自の「原子」（残基の重心に位置するアミノ酸の単一サイト表現）に統合することです。
新しい Atom をインスタンス化して、MDAnalysis ユニバースに追加することはできますか? これらの新しい Atom に、アミノ酸の重心、人間が読める名前などのデータを入力できますか?
何かのようなもの：
u = MDAnalysis.Universe(psf, coordDcd)
ag = u.selectAtoms(" the atoms in my amino acid ")
amino_acid = MDAnalysis.Atom
amino_acid.pos = ag.centerOfMass()
私は NAMD シミュレーション (.dcd ファイル) の読み方を知っており、すべての原子は適切に表現されていますが、最終的には、20 個までの原子を 1 つの「平均化された」原子に変換する必要があります (計算を単純化するため)。