問題タブ [mdanalysis]

pickle を使用して MDAnalysis.universe オブジェクトをダンプしようとしましたが、次のようなエラー メッセージが表示されました。

任意の提案をいただければ幸いです!

MDAnalysis モジュールでユニバースを閉じたりアンロードしたりすることはできますか? MDAnalysis ページでそのような関数が見つかりませんでした。別のモジュールで軌跡を変更してから MDAnalysis に再度ロードしたいのですが、次のようになります。

ドキュメントを数回読み、数時間かけてさまざまなアイデアを試した結果、誰かが必要だと判断しました。私は RADA タンパク質の NAMD シミュレーションをステップ実行し、関心のあるさまざまな値を計算する Python ソフトウェアを作成しています。

現在、私のコードは各時間ステップをステップ実行してから、システム内の各原子をステップ実行して、さまざまな分析ステップを実行しています。

私ができる必要があるのは、各アミノ酸を独自の「原子」（残基の重心に位置するアミノ酸の単一サイト表現）に統合することです。

新しい Atom をインスタンス化して、MDAnalysis ユニバースに追加することはできますか? これらの新しい Atom に、アミノ酸の重心、人間が読める名前などのデータを入力できますか?

何かのようなもの：

私は NAMD シミュレーション (.dcd ファイル) の読み方を知っており、すべての原子は適切に表現されていますが、最終的には、20 個までの原子を 1 つの「平均化された」原子に変換する必要があります (計算を単純化するため)。