シンボルを系統発生上のヒント ラベルとしてプロットするコードを次に示します。
# Load package
library(ape)
# Simulate phylogeny
ntax <- 23
tree <- rtree(ntax)
# Plot tree without tip labels
plot(tree, show.tip.label=F)
# Add symbols with pch
tiplabels(pch=1:ntax, adj=c(0.6, 0.5))
それが役に立てば幸い。