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Hellinger 変換データ (26 サンプル、3000 以上の種/OTU) との Bray-Curtis 非類似性を生成した後、MDS プロットを作成しました。次のメトリックを取得しました。

Dimensions: 2 
Stress:     0.111155 
Stress type 1, weak ties
Two convergent solutions found after 2 tries
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘ALG_Hellinger’

ただし、対応するシェパードのプロットは次のようになります。ここに画像の説明を入力

これは、良い適合を達成することはできますが、BC の非類似性にはサンプル間で区別するのに十分な解像度がないように見えます。これは正しいですか？

ANOSIMでテストしたところ、次の結果が得られました。

ANOSIM statistic R:     1 
Significance: 0.001 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Upper quantiles of permutations (null model):
 90%   95% 97.5%   99% 
 0.123 0.166 0.203 0.249 

 Dissimilarity ranks between and within classes:
                  0%   25%   50%    75% 100%   N
 Between               97 154.0 212.0 266.50  325 229
 Cliona celata complex 19  32.0  46.0  59.00   66  21
 Cliona viridis         3  26.5  37.5  48.50   60   6
 Dysidea fragilis      56  56.5  57.0  59.50   62   3
 Phorbas fictitius      1  18.5  48.5  79.75   96  66

そしてADONISは私に同じことを言った：

 Permutation: free
 Number of permutations: 999

 Terms added sequentially (first to last)

      Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
 SCIE_NAME  3    7.8738 2.62461  43.049 0.85445  0.001 ***
 Residuals 22    1.3413 0.06097         0.14555           
 Total     25    9.2151                 1.00000           
 ---
 Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

これは、サンプル間の違いは重要ですが、MDS の順序付けはやや誤解を招くようです。

必要に応じて、MDS の別の側面をテストしたり、この分析を変更したりするにはどうすればよいですか?

前もって感謝します！

アンドレ

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シェパードのプロットが悪いとは思いません。むしろ、データが強くクラスター化されていることを示しています。adonisこれは、変動のほとんど (85%) がクラスター間であるということと一致しています。anosim また、クラスター内の距離がクラスター間の距離よりもはるかに短いことを示しているのと一致しています。

于 2015-08-04T05:50:26.360 に答える