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私は R が初めてで、Seurat をインストールしてゲノムの単一細胞データを分析しようとしています。Seurat ( http://www.satijalab.org/install.html )を使いたいのですが、パッケージのインストールに苦労しています。私の操作の順序は次のとおりです。

  1. R をインストールします (成功)

  2. Hadley Wickham から「devtools」パッケージをインストールします (成功)

(次のコマンドを入力しました):

install.packages("devtools")
library(devtools)
  1. Seurat をインストールします - Github から直接 (失敗):

(次のコマンドを入力しようとしました):

install_github("satijalab/seurat")
library(Seurat)

... github から Seurat をインストールしようとすると、次のエラー メッセージが表示されます。

github リポジトリのダウンロード satijalab/seurat@master library.dynam(lib、package、package.lib) のエラー: 共有オブジェクト 'stringi.so' が見つかりません

...この問題を解決するために、Google だけでなくこのフォーラムも調べましたが、うまくいきませんでした。どんな助けでも大歓迎です！

ありがとう、マルク

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数週間前に SEURAT を 2 台の Debian マシンにインストールしましたが、適切に動作させるためにインストールしなければならなかったパッケージがあります。

gcc 4.9 以上
rJAVA
libssl-dev
plotutils

これらのパッケージは R の外部にインストールする必要があります (つまり、apt-get またはシステムで使用するものを使用して)。

于 2015-08-04T09:15:08.917 に答える