問題タブ [seurat]

私は R が初めてで、Seurat をインストールしてゲノムの単一細胞データを分析しようとしています。Seurat ( http://www.satijalab.org/install.html )を使いたいのですが、パッケージのインストールに苦労しています。私の操作の順序は次のとおりです。

1. R をインストールします (成功)

2. Hadley Wickham から「devtools」パッケージをインストールします (成功)

(次のコマンドを入力しました):

3. Seurat をインストールします - Github から直接 (失敗):

(次のコマンドを入力しようとしました):

... github から Seurat をインストールしようとすると、次のエラー メッセージが表示されます。

github リポジトリのダウンロード satijalab/seurat@master library.dynam(lib、package、package.lib) のエラー: 共有オブジェクト 'stringi.so' が見つかりません

...この問題を解決するために、Google だけでなくこのフォーラムも調べましたが、うまくいきませんでした。どんな助けでも大歓迎です！

ありがとう、マルク

単一細胞 RNA-Seq 解析用に「Seurat」という R パッケージを使用しています。個々の細胞サンプルに関するメタデータ情報を Seurat オブジェクトに追加しようとしています。しかし、下流のプロット コマンドが機能しません。変更された Seurat オブジェクトをチェックして、メタデータが正しいスロットと列に追加されたことを確認する方法を誰かが知っているかどうか疑問に思っています。

メタデータを追加するには、次のコマンドを使用しました。

まず、Seurat オブジェクトからセル名を抽出しました

次に、1 ～ 3 の番号を使用して、形態学的に決定された細胞タイプのリストを作成しました。注: リストはかなり長くなりますが、ここでは最初の 3 と省略されています。

次に、セルと MorphCellTypes を data.frame としてマージしました。

次に、正常に実行された次のコマンドを使用して、この MorphCellTypesDF メタデータを seurat オブジェクトに追加しようとしました

次に、次のコマンドを使用してTSNEPlotで視覚化しようとしました

これにより、次のエラーが返されました。

だから私はメタデータを私のseuratオブジェクトの間違った場所に追加しているか、どういうわけかcol.nameを台無しにしていると思います. どちらにしても、AddMetaData または TSNEPlot() 関数を間違って使用しているようです。万が一エラーを見つけた場合、または AddMetaData の使用方法の例を教えていただければ幸いです。

R で monocle パッケージを使用した経験がある場合:

サンプル名のベクトルに基づいてデータをサブセット化しようとしていますが、達成できません。

私が試してみました：

しかし、私はこのエラーが発生しています:

置換には 661 行、データには 5809 行あります

サブセット化しようとしているオブジェクトは、importCDS 関数によって Seurat オブジェクトから作成されたセル データ セット (CDS) です。

また、Seurat オブジェクトの meta.data の一部であり、CDS に変換された後に phenoData の varLabels スロットの下にリストされている「CellType」と呼ばれるすべてのサンプルに Cell Type を割り当てました。

これらの変数のいずれかに基づいてサブセット化する方法を教えてください。ありがとうございます。