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R でキャレット パッケージ経由で "gbm" を実行しようとしています。' method "gbm.fit" is not found ' エラーが発生しました。gbm パッケージがロードされ、R、RStudio、caret、および gbm が最新バージョンに更新されます (以下のバージョン情報を参照)。

これは[再現可能な]例です

必要なパッケージをロードする

library(caret)
library(gbm)
library(foreach)
library(doParallel)
library(magrittr)
library(plyr)

並行して開始する (または開始しない場合、結果は同じです)

cl=makeCluster(5)
registerDoParallel(cl)

キャレットの制御パラメータの設定 - ほとんどすべてデフォルト

gbm.fit.control = trainControl(method = "cv", 
                               number = 5,
                               repeats = 1,
                               p = 0.75, 
                               verboseIter = T,
                               returnData = TRUE,
                               summaryFunction = defaultSummary
                               selectionFunction = "best",
                               allowParallel = FALSE)

パラメータ検索用のグリッドの設定 - 特別なことは何もありません

gbmGrid <-  expand.grid(interaction.depth = c(2,5,8),
                        n.trees = c(500,2000,5000),
                        shrinkage = c(0.1,0.01),
                        n.minobsinnode = c(10))

例のダミー データを生成します。実際のデータはもっと複雑ですが、このおもちゃの例でも結果は同じです

tn.XY=data.frame(y=runif(100), x1=runif(100), x2=runif(100), x3=runif(100))

train 関数を実行しようとしています

gbmFit3 <- train(y~x1+x2+x3, data = tn.XY,
                 method = "gbm",
                 trControl = gbm.fit.control,
                 verbose = FALSE,
                 tuneGrid = gbmGrid,
                 ## Specify which metric to optimize
                 metric = "RMSE")

エラーの取得 = gbm.fit が見つかりません

+ Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
model fit failed for Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
Error in do.call("gbm.fit", modArgs) : could not find function "gbm.fit"

- Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
+ Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=5, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
model fit failed for Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=5, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
Error in do.call("gbm.fit", modArgs) : could not find function "gbm.fit"
...
And it continues for every fold

たとえば、（ここのように）並列の問題である可能性があると思いました。ただし、並列実行を無効にしても効果はありませんでした。私はちょっと迷っています。一部の人々がキャレットを使用して大成功を収めたことを知っています。おそらく何か基本的なもの、私が欠けているものが必要です。

R バージョン情報

R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] plyr_1.8.3       magrittr_1.5     doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    gbm_2.1-06       survival_2.38-3 
 [8] caret_6.0-52     ggplot2_1.0.1    lattice_0.20-33  readr_0.1.1      installr_0.16.0
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私は何が問題なのかを理解しました。質問を削除する代わりに、ここに残しておきます。誰かの助けになるかもしれません。問題は、何らかの理由で gbm.fit メソッドを持たない github から新しいバージョンをインストールしたことです。そのため、CRAN リポジトリから再インストールしたところ、エラーはなくなりました。

于 2015-08-06T04:05:02.183 に答える