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何百ものノードと長いラベルを持つ hclust 階層クラスター オブジェクトがあります。たとえば、ファミリー内の複数の遺伝子の同義語。下記参照。

hclustを小さなサブツリーに分割し、柔軟なスタイルで視覚化したいと考えています。http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.htmlに従って、樹状図を切り取り、類人猿の系統樹をきれいにプロットする方法を確認します。

カットされたデンドログラムをフィロオブジェクトに変換する方法がわかりません。

> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") : 
  no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendrogram"

私は、円形または垂直方向のサブツリーをレンダリングする任意の方法を受け入れます。

実際、私の目標は、遺伝子同義語のパターンを視覚的に検出して、それらの口ひげテンプレートのようなものを作成できるようにすることです。 プレーン テキストの複数の配列アラインメントに関する SO の投稿がいくつかありますが、それらは私の頭を少し超えています。

> receptor.synonyms
                                 synonym
1                alpha1B-adrenergic receptor
2                                       B1AR
3              adrenergic receptor, alpha 2a
4                                  beta 3-AR
5                                 alpha-2AAR
6                                  alpha2-C4
7                                     Adrb-1
8                                       Badm
9                                  beta 1-AR
10    Adrenergic, alpha2C-, receptor class I
11                     alpha-1D adrenoceptor
12                                 beta 2-AR    
13                       adrenergic receptor
14              alpha-2A-adrenergic receptor
15  Adrenergic, alpha2B-, receptor class III
16            adrenergic, alpha 1B, receptor
17                    &alpha;<sub>2</sub>-C2
18           adrenergic, alpha-1A-, receptor
19                                   ADRARL1
20                     alpha-1B adrenoceptor
--- snip ---

ここに画像の説明を入力

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リンク先の投稿が公開されて以来、 dendextend R パッケージを使用して、デンドログラム オブジェクトを介して hclust 出力を操作するために多くの作業が行われてきました。たとえば、「プルーン」機能でラベルをドロップしたり、樹形図で「カットリー」を使用したり、枝に色を付けたり、その他多くのことができます。

このパッケージの詳細については、投稿/ジャーナル記事: dendextend: デンドログラムを視覚化、調整、比較するためのパッケージ (「バイオインフォマティクス」の論文に基づく)

ここに画像の説明を入力

より高度なもの (円形プロットなど) を見るには、パッケージのビネットをチェックしてください: Introduction to dendextend。

于 2015-08-13T03:28:28.730 に答える