root アクセス権があるかどうかは関係ありません。読み取り/書き込みとして再マウントしない限り、/system 内のものをアンインストールすることはできません。/system は読み取り専用です。
次のようなものを実行する必要があります。
mount -o rw,remount -t yaffs2 /dev/block/mtdblock3 /system
次に、を実行しpm uninstall package、最後にマウントポイントを読み取り専用に戻します。
mount -o ro,remount -t yaffs2 /dev/block/mtdblock3 /system
chmod は、/system 内のすべてが読み取り専用であるという事実を変更しません。つまり、ファイルを変更または削除する権限は何もありません。削除するには、再マウントする必要があります。参考までに、元の質問を編集してマニフェストを追加できますが、それは必要ありません。それがあなたの問題であることはわかっています。
/system が読み取り専用の場合、実行することさえできませんrm /system/somefile.ext。/system が読み取り専用であるというエラーが表示されます。おそらく実行時に同じことが起こっpm uninstallており、パーミッションの問題を想定しているだけです。