r - Rのpheatmapからデータマトリックスを抽出できますか?

Question

遺伝子マイクロ アレイ データに基づいてヒート マップを作成し、pheatmap を使用してデータをクラスター化し、ヒートマップを出力しました。

ヒートマップのクラスター化されたデータをマトリックス形式で Excel ファイルに出力する方法はありますか?

Answer 1

1 つの方法は、データ クラスタリングを直接再現することです。pheatmapユークリッド距離と階層クラスタリングを指定するデフォルトの入力パラメータ。

以下のコードpheatmapは、テスト マトリックスで行うクラスタリングを再現します。の内容は、reorderedによってプロットされるものpheatmapです。

# load clustering library
library(stats)

# example matrix from pheatmap documentation
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# cluster and re-order rows
rowclust = hclust(dist(test))
reordered = test[rowclust$order,]

# cluster and re-order columns
colclust = hclust(dist(t(test)))
reordered = reordered[, colclust$order]