3
# parse PubMed data 

library(XML) # xpath
library(rentrez) # entrez_fetch

 pmids <- c("25506969","25032371","24983039","24983034","24983032","24983031","26386083",
          "26273372","26066373","25837167","25466451","25013473","23733758")

# Above IDs are mix of Books and journal articles 
# ID# 23733758 is an journal article and has No abstract
data.pubmed <- entrez_fetch(db = "pubmed", id = pmids, rettype = "xml",
               parsed = TRUE)
abstracts <-  xpathApply(data.pubmed, "//Abstract", xmlValue)
names(abstracts) <- pmids

すべてのレコードにアブストラクトがある場合、うまく機能します。ただし、PMID (#23733758) に公開された抄録 (または書籍の記事など) がない場合は、スキップされてエラーになります。'names' attribute [5] must be the same length as the vector [4]

Q: 複数のパス/ノードを渡して、雑誌の記事、書籍、またはレビューを抽出する方法を教えてください。 更新: hrbrmstr ソリューションは、NA に対処するのに役立ちます。しかし、xpathApplyのように複数のノードを取ることができc(//Abstract, //ReviewArticle , etc etc )ますか?

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