次のような私のesetの行名として遺伝子のリストがあります:
iDs <- head(rownames(eset))
[1] "LGI1" "ATE1" "NELL1" "CCND1" "FADD" "PPFIA1" "ORAOV1" "FOXN4" "NOVA1" "PTGER2" "GPX2" "DLK1"
[13] "ZG16" "MYH2" "NPTX1"
Rでこれらの遺伝子のGO情報(より具体的には機能)を見つけるにはどうすればよいですか?
これが私の解決策でしたが、正しく行っているかどうかはわかりません:
library (biomaRt)
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
getGene( id = iDs[1] , type = "hgnc_symbol", mart = mart)
hgnc_symbol hgnc_symbol description chromosome_name
1 LGI1 LGI1 leucine-rich, glioma inactivated 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6572] 10
band strand start_position end_position ensembl_gene_id
1 q23.33 1 93757809 93798174 ENSG00000108231
前に述べたように、私が知りたいのはこれらの遺伝子の説明や位置ではなく機能を見つけることですか?
どんな助けでもいただければ幸いです。ありがとう、