20 万行のヒートマップを作成できるかどうかを知りたいですか? 行としてゲノム座標を持つマトリックスがあり、各列は各患者のその領域の有無を表します。だから私は15人の患者（列）を持っています。heatmap.2 または pheatmap を試しているときに、メモリ割り当ての問題が発生します。マトリックス全体を使用してヒートマップを生成するにはどうすればよいでしょうか。私のマトリックスの値は jsut 0 と 1 で、ヒートマップに基づいていくつかの仮説を描きたいと思っています。どうしたら使いこなせるようになるでしょうか。ラップトップで一度試しましたが、役に立たなかったので、非常に強力な Linux クラスターで試しました。しかし、それでも以下のエラーが表示されます。この問題を解決するにはどうすればよいですか。も追加しsessionInfo()ます。任意の回避策を歓迎します
data<-read.delim("path/H3_marks_map.txt",sep="\t", row.names=1)
pdf(file="path/map/H3_maps1.pdf")
pheatmap(data,scale="none")
Error: cannot allocate vector of size 170.5 Gb
dev.off()
sessionInfo()
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=C LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8
[4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8
[7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] RColorBrewer_1.1-2 pheatmap_1.0.7
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-6 grid_3.1.2 gtable_0.1.2 munsell_0.4.2
[5] plyr_1.8.3 Rcpp_0.12.1 scales_0.3.0 tools_3.1.2