r - 'ape' phylogenetic gls - 警告メッセージ、データはツリーと同じ順序ではありません

Question

こんにちは。トカゲデータの系統解析を行っています。系統樹を R の「ape」パッケージにインポートしました。2 つの種についてデータが不足しているため、drop.tip 関数を使用して、次のようにして木のデータを種の特性データに一致させました。

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

ただし、系統発生 gls を実行しようとすると、警告/エラー メッセージが表示されます。コードと何が起こるかは次のとおりです。

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

gls 関数は、前述の drop.tip コマンドを考慮していないと推測しています。データが欠落している2つの種を考慮しながら、glsがデータフレームをツリーに一致させるようにこれをコーディングする方法はありますか? 前もって感謝します。