すみません、この疑問はもっと単純であるべきだと思うのですが、満足のいく答えが見つかりません。
私は 2 つの定量的二部ネットワークを持っています (AB と BC の間の生態学的関係を示しています)。私の問題は、有向定量的三者ネットワーク (典型的な食物網のような) を作成するために両方を結合する方法がわからないことです。各 2 部ネットワークの B レベルは、同じ頂点構成 (量と頂点名) を持ちます。さらに、レベル A と C はそれらの間で相互作用することはできません。このため、最終的な三者ネットワークの順序と方向は C->B->A でなければなりません
助言がありますか？
ご清聴ありがとうございました！
これはどう：
いくつかのデータを調理してください (私はあなたが私のためにそれを調理してくれることを望んでいました :) )
library(igraph)
set.seed(666)
# herbivore-plant
m_hp <- matrix( rbinom(12, 10, p=0.2), 4, 3)
dimnames(m_hp) <- list(
consuming=paste0("h", seq(1, nrow(m_hp))),
consumed=paste0("p", seq(1, ncol(m_hp)))
)
# carnivore-herbivore
m_ch <- matrix( rbinom(20, 10, p=0.2), 5, 4)
dimnames(m_ch) <- list(
consuming=paste0("c", seq(1, nrow(m_ch))),
consumed=paste0("h", seq(1, ncol(m_ch)))
)
...あなたのように見えます（私は推測します）：
m_hp
## consumed
## consuming p1 p2 p3
## h1 3 1 0
## h2 1 3 1
## h3 5 5 3
## h4 1 2 0
m_ch
## consumed
## consuming h1 h2 h3 h4
## c1 0 4 0 2
## c2 1 2 1 2
## c3 1 2 3 3
## c4 3 5 1 2
## c5 0 2 0 2
次に、エッジリストを介してそれらを igraph オブジェクトに変換します
el_hp <- as.data.frame(as.table(m_hp), stringsAsFactors = FALSE)
el_ch <- as.data.frame(as.table(m_ch), stringsAsFactors = FALSE)
el <- rbind(el_hp, el_ch)
g <- graph.data.frame( el[el$Freq != 0 , ] )
V(g)$type <- substr(V(g)$name, 1, 1)
共同ネットワークの隣接行列:
get.adjacency(g, sparse=FALSE, attr="Freq")
## h1 h2 h3 h4 c2 c3 c4 c1 c5 p1 p2 p3
## h1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0
## h2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 1
## h3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 3
## h4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0
## c2 1 2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0
## c3 1 2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0
## c4 3 5 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0
## c1 0 4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
## c5 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
## p1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
## p2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
## p3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
グラフィカルに
t <- match(V(g)$type, c("p", "h", "c") )
plot(g, vertex.color=t )
あるいは
l <- layout_with_fr(g, miny=t, maxy=t )
plot(g, vertex.color=t, layout=l, edge.width=E(g)$Freq)
