Maven を使用して構築された Netbeans RCP アプリケーションで BioJava を動作させるのに問題があります。POM でパブリックとして org.biojava.* および org.forester.* パッケージを含む、Maven モジュールをラッパーとして作成しました。次に、別のモジュールからラッパーを依存関係として設定し、テスト用に BioJava クックブックのいくつかの基本的な例を使用します。
BioJava からクラスのオブジェクトをインスタンス化しようとすると、アプリケーションがフリーズし、Windows タスク マネージャーを使用して強制終了する必要があります。
ラッパーの pom ファイルは次のとおりです。
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
<parent>
<groupId>nl.hecklab.bioinformatics</groupId>
<artifactId>Spider-parent</artifactId>
<version>1.0.0</version>
</parent>
<artifactId>BiojavaWrapper</artifactId>
<version>4.1.0</version>
<packaging>nbm</packaging>
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
<artifactId>nbm-maven-plugin</artifactId>
<extensions>true</extensions>
<configuration>
<useOSGiDependencies>true</useOSGiDependencies>
<publicPackages>
<publicPackage>org.biojava.*</publicPackage>
<publicPackage>org.forester.*</publicPackage>
</publicPackages>
</configuration>
</plugin>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
<configuration>
<useDefaultManifestFile>true</useDefaultManifestFile>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>org.biojava</groupId>
<artifactId>biojava-alignment</artifactId>
<version>4.1.0</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>org.slf4j</groupId>
<artifactId>slf4j-api</artifactId>
<version>1.7.12</version>
</dependency>
</dependencies>
<properties>
<project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
</properties>
</project>
ここに私が仕事をしようとするいくつかのコードがあります。これは、TopComponent のボタンから呼び出される非常に大まかな例です。入力と出力は単なるテキスト フィールドです。
private void jButton1ActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {
Reader r = new Reader(new File("D:\\current\\fastafile.fasta"));
for (ProteinSequence a : r.getSequences()) {
input.append(a.toString());
}
Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile = Alignments.getMultipleSequenceAlignment(r.sequences);
output.setText(String.format("Clustalw:%n%s%n", profile));
ConcurrencyTools.shutdown();
}
リーダークラスは次のとおりです。
public class Reader {
List<ProteinSequence> sequences = new ArrayList<>();
public Reader(File fastaFile) {
try {
FileInputStream inStream = new FileInputStream(fastaFile);
FastaReader<ProteinSequence, AminoAcidCompound> fastaReader
= new FastaReader<>(
inStream,
new GenericFastaHeaderParser<ProteinSequence, AminoAcidCompound>(),
new ProteinSequenceCreator(AminoAcidCompoundSet.getAminoAcidCompoundSet()));
LinkedHashMap<String, ProteinSequence> b = fastaReader.process();
sequences.addAll(b.values());
} catch (IOException ex) {
Logger.getLogger(Reader.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
}
public List<ProteinSequence> getSequences() {
return sequences;
}
}
(Netbeans) IDE では、クラスが検出され、オートコンプリートで使用され、プロジェクトが正常にビルドされます。いずれの場合も、主に依存関係が正しく設定されていることを示しています。