WGCNA パッケージの moduleeigengenes のデンドログラムをプロットしており、ブランチを注文/交換したいと考えています。関数を使用しplotEigengeneNetworks
てプロットしますが、分岐の順序を定義できません。デンドログラムを変更するためのパッケージがあることは知っていdendextend
ますが、これは関数が生成する出力では機能しませんplotEigengeneNetworks
。これを達成する方法についての提案があれば、私は役に立ちます。
例:
library(WGCNA)
set.seed(123)
ME <- data.frame(replicate(15, sample(1:10, 11, rep=TRUE)))
ME[,c(1:11)] <- sapply(ME[, c(1:11)], as.numeric)
plotEigengeneNetworks(ME, plotAdjacency = TRUE, setLabels = colnames(ME), plotDendrograms = TRUE, plotHeatmaps = FALSE)