RMarkdown とビーマー出力を使用して最初のページのみが印刷されるため、複数のページをカバーする参考文献のレンダリングに問題があります。
同じ質問がhttp://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html#comment-2398115545に投稿されていますが、助けはありません。
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title: "Sample Document"
output: beamer_presentation
bibliography: bibliography.bib
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