問題タブ [r-markdown]

Rstudio 0.96 の R Markdown ファイルで「Knit HTML」を押すと、どのコマンドが実行されますか?

私の動機は、別のテキスト編集環境にいるときに同じコマンドを実行したい場合や、コマンドをより大きなmakefile.

R マークダウン (knitr パッケージ) で、コード チャンクで計算されたドキュメントの本文内の変数にアクセスできますか?

RStudioチームからの回答によると、「標準」ソリューションは、「RStudioでRマークダウンを使用する」の手順に従い、3番目のスクリーンショットの「公開」ボタンが付いているボタンに注目することです。彼らが構築してくれたことにとても感謝している、素晴らしくシンプルなソリューション。

ただし、素敵な矢印と地球の画像が表示された[公開]ボタンは、どれほどひどく表示しても、プレビューウィンドウに表示されません。

私はRStudio.version()MacOSX Lion（10.7）でRStudio（0.96.231）を使用しており、最新のRバージョンとアップデートmarkdownおよびknitrパッケージを使用しています。私はRPubsアカウントを持っており、 RStudio内からRマークダウンファイルからレンダリングされたhtmlを作成およびプレビューするためのRPubsの指示に従いました。

これは、[公開]ボタンが表示されないことに関するRStudioサポートブログの投稿に関連しているようです。

ただし、実際にコンテンツをRPubに取り込む必要があるため、この質問は異なります。RStudioサポートブログに同様の質問を投稿しました。

Rstudioチームは、RMarkdownソースからRStudioによってレンダリングされたhtmlにグラフィックを埋め込む方法についてすでに回答しています。特に、RStudioがknitrを使用してRMarkdownをレンダリングおよびパッケージ化する方法を説明するこの非常に便利なページを紹介します。

RStudioを使用してRマークダウンをレンダリングする

最後に、R-markdownについて聞いたことがない場合（私はそれを知ったばかりです）、R-markdownの詳細についてはここにアクセスしてください。

以前、R Markdown を HTML に変換するコマンドについて質問したことがあります。

R MarkdownファイルをPDFドキュメントに変換する良い方法は何ですか?

適切な解決策は、コンテンツ (画像、方程式、html テーブルなど) を可能な限り保持することです。ソリューションは、コマンドラインから実行できる必要があります。良い解決策はクロスプラットフォームでもあり、理想的には依存関係を最小限に抑えて、メイクファイルなどを簡単に共有できるようにすることです。

具体的には、多くのオプションがあります。

• RMD を MD から HTML から PDF に変換するかどうか。または RMD から MD から PDF。または RMD から PDF
• markdownR でパッケージを使用する場合、どのオプションを指定するか
• pandoc、R に組み込まれたパッケージ、またはその他のものを使用するかどうか

これは、提案されたソリューションの合理的なテストを提供すると思われるrmd ファイルの例です。これは、このブログ投稿の基礎として使用されました。

Slidify の開始に関するこのドキュメントに記載されているように、必要なパッケージを github からダウンロードした後、 slidify を試しています。create_deck() でデッキを作成した後、オンラインで見つけたテスト コードで関数 slideify() を使用しました。これはコードです：

上記のコードを test_slidify.Rmd として保存し、slidify("test_slidify.Rmd") を使用して呼び出しました。ただし、以下の最後で次のエラーが発生し続けます。

最新バージョンの slidify およびその他の必要なパッケージをダウンロードしましたが、それでもこのエラーが発生し続けます。どんな助けにも感謝します。最後に、slidify は .md ファイルのみを作成しますか、それとも通常の Rmarkdown と Knitr のように html ファイルを作成しますか。生成された .md ファイルを html ファイルに変換するにはどうすればよいですか。

使用するときpairs()は、提案された関数panel.corand panel.hist(例で提案されています) を使用して、重複した上または下の三角形のスペースを排除し、追加の情報を提供するのが好きです。

次のようなものを使用してこれらの関数をソースしたいと思います

出力を取得せず (: を含むError in readLines(file, warn = FALSE) : 'con' is not a connection)、サンプル プロットを印刷しません。これは可能ですか？

余談ですが、プロットを印刷しないようにしたい理由は、これをR Markdown ファイルで使用example(pairs)し、ドキュメント内のプロットを見る必要がないからです。

Markdown を使用するのは初めてです。

CSS で多くのスタイル オプションを設定できましたが、箇条書きのスタイルを変更する方法がわかりません。

通常のもの :

• 通常の弾丸

また

• ブロック引用箇条書き

およびネストされたもの

• ブロック引用 箇条書き 1
  • ブロック引用 箇条書き 2

私は再現可能な分析と Sweave、Beamer、そして特に Knitr パッケージのファンになりつつあります。

RStudio を使用すると、ワンクリックでドキュメントを編んだり編んだりできますが、RStudio はインストールが簡単ですが、非常に不安定であり、Eclipse の StatET プラグインの成熟度と柔軟性がありません。ほとんどのチュートリアルまたはリストサーブは、knitr と RMarkdown について質問するときに RStudio IDE を参照する傾向がありますが、Markdown ファイルをインストールし.Rmdて、knitr パッケージを使用する方法についてはほとんど説明されていません。Jeffrey Horner は、R マークダウン パッケージを発表したとき、次のように述べています。

「RStudio と共同で作成された HTML へのドキュメントのマークダウン。最高の組み合わせの IDE で利用可能な完全な R マークダウン機能セットを提供しますが、ユーザーは選択した独自のツールチェーンにマークダウンを統合できます。」

最後の文は、私が把握できていないものです。他の場所では、 を使用して手動で Knitr するよう提案されてlibrary(knitr); knit('myfile.Rmd')いますが、これを実行しようとするとエラーが発生します。

My file.md次を使用して、ファイルをhtmlに変換できました。

しかし、R コードは実行されず、.Rmd最初にファイルを編成する必要があると思われます。StatET または Rstudio 以外の場所でマークダウン ファイルを編む方法についてのヘルプや指示をいただければ幸いです。

Windows 7 Professional OS で R バージョン 2.15.1 (2012-06-22) を使用しています。Eclipse バージョン: 3.8.0 および StatET 3.0。

RマークダウンファイルでRによって生成された通常のプロットはchunks、htmlスライドまたはpdfに変換されたときに正確に表示されます。ただし、によってビーマースライドに変換されるpandoc -t beamer ex.md -V theme:Warsaw -o beamer.pdf と、プロットは非常に大きくなります。特に、によって生成さpar(mfrow=c(n,m))れた場合は、プロットのごく一部しか表示されません。

チャンクオプションを設定して修正しようとしましdev='pdf'たが、うまくいきません。

HTMLのプロットは

ビーマーのプロットは

私は R-Studio 経由で Knitr を使用してきましたが、かなりいいと思います。しかし、私には小さな問題があります。R-Chunk でファイルをソースすると、knitr の出力に次のような外部コメントが含まれます。

さまざまな方法で R-chunk オプションを設定しようとしましたが、それでも問題を回避できなかったようです:

これらのメッセージをコメントアウトする方法はありますか?