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ensembl API のインストールに問題があります。Web サイトのインストール ガイドを使用しています。まず、DBI と DBD の mySQL モジュールを入手するのに苦労しましたが、perlbrew を使用すると問題はなくなりました。ただし、ping を実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。

ERROR: Error detected when connecting to Ensembl!
Looks like you need to setup your PERL5LIB with the Ensembl API. Please     consult http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html
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If the problem persists please send the following error message to helpdesk@ensembl.org
Can't locate Bio/EnsEMBL/Registry.pm in @INC (@INC contains: /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4 /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4 .) at ./ping_ensembl.pl line 117.

私の知る限り、インストールガイドに従いましたが、オンラインで他に役立つものは見つかりませんでした。どんなアドバイスでも大歓迎です。

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あなたのコードは見えませんが、何が問題なのかは明らかです。リンク先のページのポイント 3 で説明されているように、API のインストールを説明する環境をセットアップする必要があります。奇妙なことに、ビルド/インストール プロセスがないため、正しい場所を指すように手動で PERL5LIB 変数を拡張する必要があります。実行echo $PERL5LIBして、インタープリターがモジュールを検索する場所を確認できます。

投稿したエラー メッセージは、スクリプトを機能させるには正しい Ensembl ディレクトリを追加する必要があることを示しています。簡単なテストはperl -MBio::EnsEMBL::Registry -e 1、コマンド ラインで実行することです。何も出力されない場合は、すべてが正しく設定されています。同じエラー メッセージが表示される場合は、PERL5LIB 変数が正しく設定されていないことを意味します。

于 2015-12-30T23:30:39.260 に答える