含まれているパスが機能していないように見えるため、Web サイトの Javascript と CSS が機能していません。PHPStorm はそのパスが見つからないことを示しています。しかし、パスは画像 1 のように正しいです。 
問題はAPP_DIRだと思いますが、それを削除すると、PHPStormはパスを強調表示しなくなりました。
しかし、CSS を含む多くのファイルにリンクしているため、APP_DIR を削除できません。3日間試してみましたが、わかりません。助けてください。
デバッグ目的で試してください
if ( !defined('APP_DIR') ) {
trigger_error('APP_DIR not defined', E_USER_ERROR);
}
if ( substr(APP_DIR, -1)!=='/' && substr(APP_DIR, -1)!=='\\' ) {
trigger_error("APP_DIR has no trailing slash. APP_DIR.'conf/....' wont work, but APP_DIR.'/conf/...' might");
}
/** Configuration of SI */
include_once APP_DIR.'conf/site.php';