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BLASTアラインメントの純粋なpython実装を知っている人はいますか? 私はこのアルゴリズムを研究しようとしています...

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実際、BLAST アルゴリズムの完全な実装は非常に困難です。多くのステップと最適化があります。あなたにできることは次のとおりです: O'Reilly の BLAST Book を見て、非常に良い説明を得るか、NCBI Blast コード ベースを見てください。他の BLAST 実装を検討することをお勧めします。あるいは、BLAT や Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/) などの他のアルゴリズムを検討することをお勧めします。

于 2011-04-28T08:50:16.617 に答える
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BioPython を調べてみてください:

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

于 2010-08-17T06:34:35.953 に答える