bayesian - バグモデルの収束をテストするには?

Question

コマンド plot() を使用して、バグ モデルでの収束を説明したいと思います。出力の例を次の図に示します

みんなのおかげで、この出力をうまく読めるかどうかわかりません:)

Answer 1

残念ながら、表示されている図から収束を確認できるようには見えません (編集: 少なくともいくつかの情報があります。以下を参照してください)。図の左側は単なるキャタピラー プロットで、各パラメーターの分布の 95% 間隔を効果的に示しています。

モデルが収束したかどうかを判断するには複数の方法があるため、収束の評価はより微妙なプロセスです。決定したいのは、モデルが各パラメーターのパラメーター空間を適切に調査したことです (トレース プロット、ライブラリーtraceplotの関数を介して)、チェーン分散間およびチェーン分散内 (ライブラリーのcodaゲルマンルビン診断)、および自動チェーン内の相関 ( ) 。モデルが収束したかどうかを評価するために他の人が提案した他のさまざまな測定値があり、パッケージの残りの部分を調べると、これが説明されます。gelman.diagcodaautocorr.plotcodacoda

ユーザー マニュアルの WINBUGS チュートリアル (pdf へのリンク) を参照することを強くお勧めします。モデルの収束の確認に関するセクションがあります。トレースプロットが十分に混合されていること (チュートリアルを見て、それが何を意味するかを確認してください)、各パラメーターの Gelman Rubin 診断が < 1.10 であること (一般的な規則)、およびチェーンがあまり相関していないこと (これにより、チェーン内の有効なサンプル サイズ)。

頑張ってください。ベイジアン推論に興味がある場合は、この件について少し読んでください。

編集

@jacobsocolar が指摘したように、私は完全に見逃していましたが、この質問で利用可能なプロットには、モデルが収束したことを示す情報が少なくとも含まれています。左のプロットの右側に R-hat プロットが表示されませんでした。モデルが実際に収束した場合、これらの値は各パラメーターで 1.1 未満になるはずです。上のプロットを目視すると、モデルが収束したことが示唆されますが、プロットの 1.1 マークに垂直線がある場合ははるかに簡単に確認できますが、実際にはありません。