問題タブ [winbugs]

R 内から R2WinBUGS パッケージを使用して、WinBUGS (100 万回の反復) で長い計算を実行しました。

しかし、Rはクラッシュしました。winbugs を再度実行せずに bugs.object を R に再ロードするにはどうすればよいですか? 私はこれを試しました（私は3つのチェーンを持っています）：

しかし、outデータ構造は bugs オブジェクトとはまったく異なります (そのままでは使用できません)。私はそれを変換しようとしましたas.bugs.array:

しかし、うまくいきません。助けてください。ありがとう。

階層ベイジアン分析を実行しようとしていますが、R と WinBUGS コードに少し問題があります。バランスの取れたデータがなく、コーディングに苦労しています。トランセクトで iButton (温度記録デバイス) を使用して毎日収集された温度データがあり、これをリモート センシング データに関連付けるモデルを生成しようとしています。残念ながら、各トランセクトには異なる数の iButton があるため、トランセクト (j) でボタン (i) の 3D マトリックスを作成し、day(t) に繰り返し「サンプリング」することは私にとって問題です。

最終的に、私のモデルは次のようになります。

レベル 1 Temp[ijk] ~ N(theta[ijk], tau) theta[ijk] = b0 + b1*x1 + . . . + bn*xn

レベル 2 b0 = a00 + a01*y1 + . . . an*yn b1 = a10 + a11*y1 ...

レベル 3 (たぶん?) - ランダムなレベル 2 インターセプト

通常、私は次のようにします: Wide <- reshape(Data1, idvar = c("iButton","block"), timevar = "julian", direction = "wide")

次に、WinBUGS または OpenBUGS でループできる 3D マトリックスを作成できます。

いずれにせよ、上記のコードの詳細について心配する必要はありません。他の分析からの例として一緒にスローされているだけです。私の主な質問は、トランセクトごとに同数の iButton を持つバランスの取れた設計がない場合に、この種の分析を行う方法です。どんな助けでも大歓迎です。私は明らかに R と WinBUGS の初心者であり、以前のコンピューター コーディングの経験はあまりありません。

ありがとう！

ああ、これはデータが長い（積み重ねられた）形式でどのように見えるかです：

R から WinBUGS を呼び出そうとしていますが、うまくいきません。

Rでこのコードを入力しました：

次に、WinBUGS を呼び出します。

そして、WinBUGS で次のエラーが発生します。

誰かが私を助けてくれれば幸いです。私のファイルは同じにあります

問題なく WinBUGS14 でモデルを実行して結果を得ることができますが、MatLab から同じ WinBUGS モデル (以下に示す) を実行すると問題が発生します。プログラムの実行が停止せず、結果が返されないようです。

誰でも私を助けることができますか？どんなアドバイスでも大歓迎です。ありがとう。

1) 私の WinBUGS コード --- CHK_model.txt

2) 私の MatLab コード

BRugsFitこの投稿のタイトルにあるように、 （with ）を使用してRからWinBUGSで正常に機能するコードとデータを実行しようとすると、coda=T次のエラーが発生します。

コーダオブジェクトで行うtail()と、同じ番号が何度も表示されます。一方、WinBUGSを実行し、コーダを保存してRにロードすると、予想どおりの確率的変動が発生し、収束に関する警告は表示されません。

これが私のモデルです（ロジスティック-マケハム分布のパラメーターの事後確率を見つけるために「1つのトリック」を使用します）。

これが私のデータの典型的な例です：

...そして典型的な初期化（私は4つのチェーン、間伐20、バーンイン2000、20000の反復を使用します）

OpenBUGSは、WinBUGSよりも有効桁数が少ない数に単純に四捨五入されますか？その場合、設定を変更して、それを停止させることができますか？

First of all, does anybody know of a developer's guide for WinBUGS? The website is full of detailed examples for Doodles and documentation for the model language, but I have yet to find anything about how to interpret trap windows.

Secondly, has anybody found any ways to streamline the check/load/compile/init/monitor/update cycle? By that I mean, there doesn't seem to be any way to say "don't bother rechecking the model or putting any of the settings back to their defaults (!!!), just keep loading data from these files, inits from those files, and for each generate a new coda". Even the standard Windows shortcuts are neutered here, forcing the user to keep clicking and filling the same fields with the same values over and over. This might seem like a minor issue, but when you are doing many similar analyses one after the other, it gets old fast.

I'm at the point where I'm about to use TRON.EXE to send fake mouseclicks to the program, but before going to that extreme I'm hoping there is some native and more elegant way to automate repetitive WinBUGS tasks.

私はこの論文を読んでいます（ベイズ階層アプローチを使用してナノワイヤ（NW）の成長をモデル化することを目的としています）。7 ページで、著者はナノワイヤの成長を説明するモデルを提案しました。WinBUGS コードを書こうとしています (以下を参照してください) が、それが正しいかどうかわかりません。

私は要約として論文からこれを引用しました：

ケーススタディでは、階層モデリングの手順と、不確実性の下での北西部の成長プロセスの推定について説明します。... その中のデータは、6 つの成長条件 (T = 365 ◦ C、380 ◦ C、400 ◦ C、420 ​​◦ C、430 ◦) の下で、経時的に (t = 15 秒、30 秒、180 秒、900 秒) 収集されました。 C、440 ℃）。最初の 4 つの条件は、モデルの構築に使用されます。180 秒と 900 秒では観測がないため、2 つの高温条件は考慮しません。「</p>

つまり、時間 (秒)、温度 (摂氏)、ナノワイヤーの長さ (cm) の 3 つの変数を扱っています。4 つのレベルの温度 (365 ℃、380 ℃、400 ℃、および 420 ℃) と 4 つの時間ポイント (15 秒、30 秒、180 秒、900 秒) があります。各条件下での長さの正確な値を持っていないので、論文の図 6 を見ていくつかの値を生成しました。

これが WinBUGS コードです。完全に実行されますが、正しいかどうかはわかりません。ご意見をお待ちしております。ありがとう！

差分アイテム機能（DIF）のWinBUGS 14の構文でデータを追加するにはどうすればよいですか？

WinBUGS と OpenBUGS は初めてです。サンプル モデルを実行したところ、WinBUGS/OpenBUGS によって生成された予測を取得できるかどうか疑問に思っています。そうでない場合、これを達成するための便利な方法はありますか (たとえば、R などの他のアプリケーションの助けを借りて)?

rjagsR ライブラリを使用しています。関数coda.samplesは、mcmc.listたとえば (からexample(coda.samples)) を生成します。

ただし、オブジェクトを入力としてplot.bugs必要とする関数を使用したいと思います。bugs

mcmc.listオブジェクトをからbugsオブジェクトに変換することは可能plot.bugs(LINE.out)ですか?

1 か月以上未回答のstats.SE に関する同様の質問があることに注意してください。その質問には報奨金があり、2012 年 8 月 29 日に終了しました。

その他のヒント:

R2WinBUGS パッケージに "as.bugs.array" 関数があることを発見しましたが、この関数を mcmc.list に適用する方法が明確ではありません。