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私は最近、Elasticluster ( http://googlegenomics.readthedocs.org/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html ) を使用して、Compute Engine 上に Grid Engine クラスターを作成しました。

Grid Engine を実行している Compute Engine 仮想マシンのクラスタで、共有メモリ マルチスレッド バッチ ジョブを実行するための適切なコマンドは何か疑問に思っていました。

つまり、Grid Engine 並列環境の名前 (つまり、pe_name) は何ですか。

1 つのノードで 4 つの CPU を要求するジョブを実行したいとします。適切な qsub コマンドは何でしょうか。

これまでのところ、次のコマンドを試しました。

qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe smp 6 run.sh ジョブを実行できません: ジョブが拒否されました: 要求された並列環境 "smp" が存在しません。

qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe omp 6 run.sh ジョブを実行できません: ジョブは拒否されました: 要求された並列環境 "omp" は存在しません。

ご協力ありがとうございました！

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Elasticluster の Ansible プレイブックに並列環境が含まれているとは思えません。ここで、マスターで実行される主な構成を確認できます。

https://github.com/gc3-uzh-ch/elasticluster/blob/master/elasticluster/providers/ansible-playbooks/roles/gridengine/tasks/master.yml

マスターに接続して、「並列環境を追加」コマンドを発行するだけでよいと思います。

$ qconf -ap smp

次のような構成ファイルを作成します。

pe_name         smp
slots           9999
user_lists      NONE
xuser_lists     NONE
start_proc_args /bin/true
stop_proc_args  /bin/true
allocation_rule $fill_up
control_slaves  FALSE
job_is_first_task  FALSE
urgency_slots   min
accounting_summary FALSE

次に、all.q のキュー構成を変更します。

$ qconf -mq all.q

...
pe_list             make smp
...

ここで Elasticluster に関する問題を報告することもお勧めします。

https://github.com/gc3-uzh-ch/elasticluster/issues

誰かが Elasticluster のフォークで既にこれを行っており、マスター フォークにプル リクエストを提供できる可能性があると思います。

それが役立つことを願っています。

-マット

于 2016-02-22T18:15:10.833 に答える