問題タブ [google-genomics]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
google-api - Google ゲノミクス API
ここにある指示に従って、Google Genomics を使用しようとしています: https://developers.google.com/genomics/
GoogleCloud コンソールから OAuth クライアント ID (セクション 4: 認証) を設定しようとすると、ステップ c で次のように表示されます: 「[APIs & auth] タブで、[APIs] を選択し、Genomics API が [ON] に設定されていることを確認してください」
...しかし、リストに Genomics API が見つかりません。Genomics API をリストに「追加」するにはどうすればよいですか? (Google Genomics Preview の承認を受けています)。
r - RのゲノムVCFファイルでPCA、距離行列、およびその他の数学手順を実行する方法は?
VCF (バリアント コール ファイル) を処理してプロットとレポートを作成する方法を学んでいます。これは、私には不明な理由でクラッシュする R コードです。それを修正する方法をアドバイスし、適切なチュートリアルを教えてください。
python - argparser を使わずに client_secret を追加するには?
Google Genomics をテストしたい。私はプロジェクトを持っており、 api の開始からmain.pyを実行できます。ただし、このファイルは、資格情報の生成方法を oauth2client の内部に隠しています。
誰かがコードが何をするのか説明できますか? どうすればargparseなしでそれを何かに変換できますか?
私は google-api ドキュメントの他のソリューションを試してみましたが、主なポイントは、何が行われているのか理解できないため、何をすべきか理解できないということです。（OAuth2clientも完全には理解していません） この回答は、argparseが必須であることを示唆しています。しかし、 google-api-python-client を使用するこの他の方法では使用しないでください...
google-bigquery - Google Cloud / BigQuery / Genomics データの場所
当社の業務の一部では、クラウド内のデータを米国に保存する必要があります。
Google Cloud の場合、バケットの場所を米国の場所に指定できます。https://cloud.google.com/storage/docs/bucket-locations
しかし、BigQuery と Google Genomics の場合、API にそのようなオプションはありません。これらのサービスのデータが保存されている国を知っている人はいますか?
multithreading - Elasticluster を使用して Google Compute Engine で並列環境を指定する
私は最近、Elasticluster ( http://googlegenomics.readthedocs.org/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html ) を使用して、Compute Engine 上に Grid Engine クラスターを作成しました。
Grid Engine を実行している Compute Engine 仮想マシンのクラスタで、共有メモリ マルチスレッド バッチ ジョブを実行するための適切なコマンドは何か疑問に思っていました。
つまり、Grid Engine 並列環境の名前 (つまり、pe_name) は何ですか。
1 つのノードで 4 つの CPU を要求するジョブを実行したいとします。適切な qsub コマンドは何でしょうか。
これまでのところ、次のコマンドを試しました。
qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe smp 6 run.sh ジョブを実行できません: ジョブが拒否されました: 要求された並列環境 "smp" が存在しません。
qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe omp 6 run.sh ジョブを実行できません: ジョブは拒否されました: 要求された並列環境 "omp" は存在しません。
ご協力ありがとうございました！
google-api - Dockstore-tool-samtools-index には GATK/BAM/Chromwell が既に構成されていますか?
「https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index」で利用可能で、Google への入力として指定されている docker イメージが docker-tool-samtools-index という名前であるかどうかを知りたかっただけです。 Genomics API (pipelines.create) には、GATK/BWA や Cromwell などのゲノム ツールが含まれています。これに関するヘルプをいただければ幸いです。
ありがとう。
google-api - Google Genomics API - 内部サーバー エラー + ReferenceID
私は Google ゲノミクス API を初めて使用します。注釈を作成しようとしています。Web バージョンと Python API 呼び出しの両方を使用しました。
注釈の例を次に示します。
どちらの場合も次のエラーが発生します。
なにか提案を？
もう1つの観察。
datasetIdとnameを送信するだけでバリアント セットを追加できます。referenceIdを指定する必要はありませんが、referenceIdなしで注釈セットを作成することはできません。なんで？
ところで、呼び出し元の WRITE パーミッションを設定するにはどうすればよいですか?
呼び出し元には、関連付けられた注釈セットに対する WRITE 権限が必要です。
前もって感謝します！