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私はGO分析に非常に慣れていないため、遺伝子のリストをどのように行うかについて少し混乱しています.

遺伝子のリストがあります (n=10):

gene_list

    SYMBOL ENTREZID                              GENENAME
1    AFAP1    60312   actin filament associated protein 1
2  ANAPC11    51529 anaphase promoting complex subunit 11
3   ANAPC5    51433  anaphase promoting complex subunit 5
4     ATL2    64225                     atlastin GTPase 2
5    AURKA     6790                       aurora kinase A
6    CCNB2     9133                             cyclin B2
7    CCND2      894                             cyclin D2
8    CDCA2   157313      cell division cycle associated 2
9    CDCA7    83879      cell division cycle associated 7
10  CDCA7L    55536 cell division cycle associated 7-like

私は単にそれらの機能を見つけたいだけで、GO分析ツールを使用するように提案されました。それが正しい方法かどうかはわかりません。ここに私の解決策があります:

x <- org.Hs.egGO

# Get the entrez gene identifiers that are mapped to a GO ID

    xx<- as.list(x[gene_list$ENTREZID])

それで、各遺伝子のいくつかの GO タームに割り当てられた EntrezID のリストを取得しました。例えば:

> xx$`60312`
$`GO:0009966`
$`GO:0009966`$GOID
[1] "GO:0009966"

$`GO:0009966`$Evidence
[1] "IEA"

$`GO:0009966`$Ontology
[1] "BP"


$`GO:0051493`
$`GO:0051493`$GOID
[1] "GO:0051493"

$`GO:0051493`$Evidence
[1] "IEA"

$`GO:0051493`$Ontology
[1] "BP"

私の質問は、これらの遺伝子のそれぞれの機能をより簡単な方法で見つけるにはどうすればよいかということです。関数を関数/GO列としてgene_listに追加したいからです。

前もって感謝します、

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