私はGO分析に非常に慣れていないため、遺伝子のリストをどのように行うかについて少し混乱しています.
遺伝子のリストがあります (n=10):
gene_list
SYMBOL ENTREZID GENENAME
1 AFAP1 60312 actin filament associated protein 1
2 ANAPC11 51529 anaphase promoting complex subunit 11
3 ANAPC5 51433 anaphase promoting complex subunit 5
4 ATL2 64225 atlastin GTPase 2
5 AURKA 6790 aurora kinase A
6 CCNB2 9133 cyclin B2
7 CCND2 894 cyclin D2
8 CDCA2 157313 cell division cycle associated 2
9 CDCA7 83879 cell division cycle associated 7
10 CDCA7L 55536 cell division cycle associated 7-like
私は単にそれらの機能を見つけたいだけで、GO分析ツールを使用するように提案されました。それが正しい方法かどうかはわかりません。ここに私の解決策があります:
x <- org.Hs.egGO
# Get the entrez gene identifiers that are mapped to a GO ID
xx<- as.list(x[gene_list$ENTREZID])
それで、各遺伝子のいくつかの GO タームに割り当てられた EntrezID のリストを取得しました。例えば:
> xx$`60312`
$`GO:0009966`
$`GO:0009966`$GOID
[1] "GO:0009966"
$`GO:0009966`$Evidence
[1] "IEA"
$`GO:0009966`$Ontology
[1] "BP"
$`GO:0051493`
$`GO:0051493`$GOID
[1] "GO:0051493"
$`GO:0051493`$Evidence
[1] "IEA"
$`GO:0051493`$Ontology
[1] "BP"
私の質問は、これらの遺伝子のそれぞれの機能をより簡単な方法で見つけるにはどうすればよいかということです。関数を関数/GO列としてgene_listに追加したいからです。
前もって感謝します、