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R でマンハッタン プロットを作成しています。ここでの目的は、関連する特性に基づいて SNP を強調することです。

これが私のメイン データフレーム (gwas_plot) の末尾です。

              SNP CHR        BP         P 
58008  rs77855001   1 249213034 8.665e-01
58009  rs74322942   1 249218520 7.437e-01
58010 rs114152373   1 249222547 6.504e-02
58011  rs11205304   1 149906423 4.000e-23
58012  rs11205305   1 149906433 2.000e-16
58013   rs1061956   1 149914327 4.000e-06

gwas_plot の SNP のサブセットを含む別のデータセット (gwascat_topsnp) があり、説明が含まれています。次のようになります。

         SNP CHR        BP     P            Description
1 rs11205301   1 149906412 4e-23                 Height
2 rs11205301   1 149906412 2e-16                 Height
3  rs1061954   1 149914353 4e-06 Obesity-related Traits

マンハッタン プロットのソース コード (元のソース コードはこちら: https://github.com/stephenturner/qqman/tree/master/R ) の特定のセクションで、特定の SNP を強調表示できるように変更しました。pch が「説明」カテゴリごとに一意になるように変更しました (上記のデータ フレーム内)。

これは私が追加したセクションです：

  keyword2=gwascat_topsnp$Description
# Highlight2: highlight snps from a second character vector
  if (!is.null(highlight2)) {
    if (any(!(highlight2 %in% d$SNP))) warning("You're trying to highlight SNPs that don't exist in your results.")
    d.highlight2=d[which(d$SNP %in% highlight2), ]
    with(d.highlight2, points(pos, logp, col="red1", pch=1:24[as.factor(keyword2)], ...)) 
  }

マンハッタン プロットをプロットするために使用するコードは次のとおりです。

par(xpd=T, mar=par()$mar+c(0,0,3,0))
manhattan_KB(gwas_plot,col=c("grey"),highlight=gwas_main[rownum,1],highlight2=gwascat_topsnp$SNP)
    par(xpd=TRUE)
    legend(0,40,legend=levels(as.factor(keyword2)),
           col=c("red1"),pch=1:24[as.factor(keyword2)],
           bty="n",cex=0.8,ncol=1,horiz=F)
    par(mar=c(5,4,4,2) + 0.1)

ただし、ここに表示される出力では、「高さ」とラベル付けされた説明を持つ両方の SNP は同じ pch を持っている必要がありますが、そうではありません: それらの 1 つには円があり、1 つには三角形があり、他の特性 remians にはラベルが付いていません伝説。

誰かが私が間違っているところを手伝ってくれませんか? さらに情報が必要な場合は、喜んで提供します。

ありがとうございました！

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