Netbeans で biojava の 1.8.1 リリースを使用し、ChromatogramGraphicクラスを使用してクロマトグラムのイメージを作成しようとしています。( http://www.biojava.org/docs/api1.8/ )
クロマトグラムにアクセスするためのファイル チューザーを作成し、ChromatogramFactory (biojava から) クラスを使用して、ファイルからクロマトグラム オブジェクトを作成します。
どうやら、これ:
http://biojava.org/pipermail/biojava-l/2003-June/003896.html
コードは私が望むものを達成できます。私はそれが何をするのか理解していません.JFrameに画像を描画するために同様の構文を使用できるとは思いません.
どんな助けでも大歓迎です。
【今までのこと。そのほとんどが何をするのかわかりません。]
private void renderTrace() throws IOException, UnsupportedChromatogramFormatException {
ABIFChromatogram abiChrom = new ABIFChromatogram();
File abi = new File(textarea.getText());
ABITrace abiTrace = new ABITrace(abi);
ABIFParser abiParse = new ABIFParser(abi);
ChromatogramFactory chromFactory = new ChromatogramFactory();
Chromatogram chrom = ChromatogramFactory.create(abi);
ChromatogramGraphic gfx = new ChromatogramGraphic(chrom);
gfx.setHeight(240);
gfx.setHorizontalScale(2.0f);
// set some options that affect the output
// turn off filled-in "callboxes"
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.DRAW_CALL_A,
Boolean.FALSE);
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.DRAW_CALL_C,
Boolean.FALSE);
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.DRAW_CALL_G,
Boolean.FALSE);
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.DRAW_CALL_T,
Boolean.FALSE);
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.DRAW_CALL_OTHER,
Boolean.FALSE);
// this option controls whether each trace/callbox/etc is scaled/positioned
// individually, or whether the scaling is done on all shapes at the level
// of the graphics context
// enabling this option is recommended for higher-quality output
gfx.setOption(ChromatogramGraphic.Option.USE_PER_SHAPE_TRANSFORM,
Boolean.TRUE);
BufferedImage bi = new BufferedImage(
gfx.getWidth(),
gfx.getHeight(),
BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
Graphics2D g2 = bi.createGraphics();
g2.setBackground(Color.white);
g2.clearRect(0, 0, bi.getWidth(), bi.getHeight());
if (g2.getClip() == null) {
g2.setClip(new Rectangle(0, 0, bi.getWidth(), bi.getHeight()));
}
g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
// the main event
gfx.drawTo(g2);
// work-around an OS X bug where sometimes the last Shape drawn
// doesn't show up in the output
g2.draw(new java.awt.Rectangle(-10, -10, 5, 5));
gfx.drawTo();
}