pysam.view() を使用して、BAM ファイルから特定のアラインメントを除外しようとしています。私が直面している問題は、フィルターに複数の領域を含める方法です。
pysam.view() は samtools ビュー コマンドをエミュレートします。これにより、スペース文字で区切られた複数の領域に入ることができます。例:
samtools view opts bamfile chr1:2010000-20200000 chr2:2010000-20200000
しかし、対応する pysam.view 呼び出し:
pysam.view(ops, bamfile, '1:2010000-20200000 2:2010000-20200000')
動作しません。アラインメントは返されません。次のコマンドは正常に機能するため、問題はリージョンのリストを指定する方法にあると確信しています。
pysam.view(ops, bamfile, '1:2010000-20200000')
アライメントを返します。
私の質問は: pysam.view は複数のリージョンをサポートしていますか? また、このリストをどのように指定しますか? これに関するドキュメントを検索しましたが、何も見つかりませんでした。