問題タブ [pysam]

特定の染色体番号と位置 (chr1 と位置 1599812) があります。Pythonのpysamモジュールを使用してbamファイルにアクセスし、その特定の地域chr1と場所1599812のみの読み取り番号情報を取得しpileup()たい.そのような範囲ではありません。

非常に巨大な .bam ファイルを .bed ファイルに変換する必要がありますが、bedops の bam2bed 並列を使用して解決策を見つけましたが、その並列は SEG と gnuParallel をサポートし、アクセスできる 2 つのクラスターは slurm とトルク スケジューラのみをサポートします。私は tcsh についてよく知っていますが、スラームとトルクの要件を満たすためにスクリプトを変更することさえできません。

私は Python について少し知っているので、Python のマルチプロセッシング モジュールを使用してこれを行う予定ですが、次のコードでは奇妙なメッセージが表示されます。

「calignmentfile.so プラグインの使用中に Python が予期せず終了しました」

このメッセージは、pysam.AlignmentFile() からの読み取りが並列処理をサポートしていないことを意味しますか、それとも Python がこの種の並列処理をサポートしていませんか? 通常のテキスト ファイルを使用してこのコードをテストすると、うまく機能します (たとえば、コードにコメントが付けられています)。

「BAI」形式のファイルがあり、を使用して「TSV」形式に変換する必要がありますpython script。

.BAIファイルを"TSV"python scriptに変換する が必要です。

私はPythonスクリプトの初心者です。

python/pysam を使用してシーケンス データを分析しています。コマンドmateのチュートリアル（pysam - SAMファイルを読み書きするためのインターフェース）では、次のように述べています。

'この方法は、ハイスループット処理には遅すぎます。読み取りをそのメイトで処理する必要がある場合は、読み取り名でソートされたファイルから作業するか、キャッシュ読み取りを使用することをお勧めします。

どのように「読み取りをキャッシュ」しますか?

pysam.view() を使用して、BAM ファイルから特定のアラインメントを除外しようとしています。私が直面している問題は、フィルターに複数の領域を含める方法です。

pysam.view() は samtools ビュー コマンドをエミュレートします。これにより、スペース文字で区切られた複数の領域に入ることができます。例:

しかし、対応する pysam.view 呼び出し:

動作しません。アラインメントは返されません。次のコマンドは正常に機能するため、問題はリージョンのリストを指定する方法にあると確信しています。

アライメントを返します。

私の質問は: pysam.view は複数のリージョンをサポートしていますか? また、このリストをどのように指定しますか? これに関するドキュメントを検索しましたが、何も見つかりませんでした。

Python 3.4 に pysam および pybedtools モジュールをインストールしようとしています。しかし、エラーが発生しました:

それを手伝ってくれませんか？