Tax4Fun を実行して、16S データから機能を予測しようとしています。ここまでの解析は Mothur で行っていたため、入力として biom を使用することができませんでした (biom バージョン間の非互換性、事前に知っていた)。
次のように、mothur biom ファイルを tsv ファイルに変換しました。次に、otu_table.txt ファイルを
biom convert -i *biom -o otu_table.txt --header-key taxonomy --table-type "OTU table" --to-tsv
Tax4Fun で使用しました。
data<-importQIIMEData("otu_table.txt")
folderReferenceData<- "/nobackup/shared/cgebm/r_packages/Tax4Fun/SILVA119/"
results <- Tax4Fun(data,folderReferenceData)
ただし、次のエラー メッセージが表示されます: Error in rownames<-( *tmp*, value = c("NC-1.S34", "NC-2.S48", "PC-1.S27", : length of 'dimnames' [1] not配列エクステントに等しい
Google を広範囲に検索しましたが、解決策を見つけることができませんでした。テキスト ファイルのサイズは期待どおりで、R にロードしても問題ないようです。
すべての提案を歓迎します!