pdb構造2a65を読む 「タンパク質の一部」ではなく「タンパク質のリガンド」と見なすべきアミノ酸残基のケースに直面しています。
PDB ファイルと cif ファイルでは、この LEU.601 残基は HET としてタグ付けされていますが、残念ながら LEU という名前であるため、Biojava が自動的に ATOM としてタグ付けしているようです。「タンパク質鎖A」とリガンド「LEU.601」を区別する方法を知っている人はいますか?
2a65.pdb のサンプル:
HETATM 4149 N LEU A 601 24.537 32.416 18.866 1.00 15.26 N
HETATM 4150 CA LEU A 601 25.812 31.696 18.815 1.00 16.66 C
HETATM 4151 C LEU A 601 25.693 30.381 18.046 1.00 16.48 C
...
私の biojava コードのスニペット:
Group g=s.findGroup("A", "601");
System.out.println(g);
System.out.println(g.getType());
g=s.findGroup("A", "701");
System.out.println(g);
System.out.println(g.getType());
そしてそれが生成するもの:
AminoAcid ATOM:LEU L 601 true ATOM atoms: 9
amino
Hetatom 701 BOG true atoms: 20
hetatm