0

サンプルの反復測定特性を修正するために、field.ID を使用して部分的な db-RDA を作成しようとしています。ただし、Condition(field.ID) を含めると、関心のある主因子の重心がプロットから消えます (下の左のプロット)。

設計: 12 のフィールドが 2 年連続で種データ用に繰り返しサンプリングされました。さらに、参照フィールドから毎年 3 つのサンプルがサンプリングされています。これらの 3 つのフィールドは、以前のフィールドが利用できないため、2 年目に変更されました。さらに、いくつかの環境変数がサンプリングされています (窒素、土壌水分、温度)。すべてのフィールドには識別子 (field.ID) があります。条件として field.ID を使用すると、F1 要素が誤って削除されるようです。ただし、条件としてサンプリング キャンペーン (SC) を使用することはできません。後者は、部分的な db-RDA で繰り返される測定を修正する正しい方法ですか??

セット.シード(1234)

df.exp <- data.frame(field.ID = factor(c(1:12,13,14,15,1:12,16,17,18)),
                     SC = factor(rep(c(1,2), each=15)),
                     F1 = factor(rep(rep(c("A","B","C","D","E"),each=3),2)),
                     Nitrogen  = rnorm(30,mean=0.16, sd=0.07),
                     Temp  = rnorm(30,mean=13.5, sd=3.9),
                     Moist  = rnorm(30,mean=19.4, sd=5.8))

df.rsp <- data.frame(Spec1 = rpois(30, 5),
                     Spec2 = rpois(30,1),
                     Spec3 = rpois(30,4.5),
                     Spec4 = rpois(30,3),
                     Spec5 = rpois(30,7),
                     Spec6 = rpois(30,7),
                     Spec7 = rpois(30,5))

data=cbind(df.exp, df.rsp)                  



dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(SC), df.exp); ordiplot(dbRDA)
dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(field.ID), df.exp); ordiplot(dbRDA)

ここに画像の説明を入力

4

1 に答える 1

1

によるバリエーションを部分的に取り出してIDから、 this にエイリアスされた変数を説明しようとしましIDたが、すでに部分的に取り出されていました。印刷出力の重要な行は次のとおりです。

Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)

実際、詳細を尋ねると、

> alias(dbRDA, names=TRUE)
[1] "F1B" "F1C" "F1D" "F1E"

F1?変数は一定で 、IDすでに部分的に取り出されており、説明するものは何も残っていませんでした。

于 2016-03-30T18:44:35.053 に答える