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クエリを実行すると

mongo.cursor.to.data.frame(cursor)

を使用してコレクション内のドキュメントを R のデータ フレームにフェッチすると、次のrmongodb警告メッセージが表示されます。

In mongo.cursor.to.data.frame(cursor) : This fails for most NoSQL data structures. I am working on a new solution

に関するいくつかの記事をチェックしたところrmongodb、このメッセージもそこに記載されていることがわかりました。この警告は、結果のデータ フレームに問題がある可能性があることを意味しますか?

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ソースコードは、問題が発生する可能性がある場所を示しています

mongo.cursor.to.data.frame <- function(cursor, nullToNA=TRUE, ...){

  warning("This fails for most NoSQL data structures. I am working on a new solution")

  res <- data.frame()
  while ( mongo.cursor.next(cursor) ){
    val <- mongo.bson.to.list(mongo.cursor.value(cursor))

    if( nullToNA == TRUE )
      val[sapply(val, is.null)] <- NA

    # remove mongo.oid -> data.frame can not deal with that!
    val <- val[sapply(val, class) != 'mongo.oid']

    res <- rbind.fill(res, as.data.frame(val, ... ))

  }
  return( as.data.frame(res) )
}

data.framesを使用plyr::rbind.fillしていることがわかります。rbindしたがって、これはすべて、 に渡されるものrbind.fill、つまり に帰着しvalます。

そしてvalの結果ですval <- mongo.bson.to.list(mongo.cursor.value(cursor))。

as.data.frame(val, ...)したがって、渡すリスト構造を処理できる限り、問題ありません。

ただし、これに失敗するNoSQLデータ構造を想像するのは非常に簡単です。

## consider the JSON structure
## [{"a":[1,2,3],"b":["a","b","c"]},{"d":[1.1,2.2,3.3],"e":[["nested","list"]]}] 

##Which in R is the same as
lst = list(list(a = c(1L,2L,3L),
                b = c("a","b","c")),
           list(d = c(1.1, 2.2, 3.3),
                e = list(c("nested", "list"))))

## this errors when coerced to a data.frame
as.data.frame(lst)
Error in data.frame(d = c(1.1, 2.2, 3.3), e = list(c("nested", "list")),  : 
  arguments imply differing number of rows: 3, 2

この時点で、mongoliteパッケージについて言及する必要があります。これは一般的に高速ですが、再びdata.frame.

また、mongolite への私の拡張機能もありますmongolitedt(まだ CRAN にはありません)。これはさらに高速でデータを取得しますが、結果によって制限されます。data.table

于 2016-04-24T11:35:37.193 に答える