r - ラベルが一致するまで、ルートに向かって外部ラベルに基づいて樹状図の枝に色を付けます

Question

既存の列を使用してデンドログラムの枝に色を付ける質問から、デンドログラムの葉の近くの枝に色を付けることができます。コード：

x<-1:100
dim(x)<-c(10,10)
set.seed(1)
groups<-c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue")
x.clust<-as.dendrogram(hclust(dist(x)))

x.clust.dend <- x.clust
labels_colors(x.clust.dend) <- groups
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = groups, edgePar = "col") # add the colors.
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = 3, edgePar = "lwd") # make the lines thick
plot(x.clust.dend) 

に示すように樹状図を生成します。 ただし、現在のブランチのすべての葉が同じラベルになるまで、ルートに向かってブランチに色を付けたいと考えています。1 つでも不一致があった場合でも、既定の色である黒に切り替えます。結果のデンドログラムを次のようにしたい

私が欲しいのはcolor_brancheslikeを使うのと少し違う

x.clust.dend <-color_branches(x.clust.dend,k=3)

一部の外部ラベルに基づくのではなく、独自のクラスターに基づいて色付けされるためです。

Answer 1

お探しの機能はbranches_attr_by_clusters. 使用方法は次のとおりです。

library(dendextend)

x <- 1:100
dim(x) <- c(10, 10)
set.seed(1)
groups <- c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue")
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))

clusters <- as.numeric(factor(groups, levels = c("red", "blue")))
dend2 <-
  branches_attr_by_clusters(dend , clusters, values = groups)
plot(dend2)

この関数はもともと、dynamicTreeCut の結果を表示するために作成されました。別の例については、ビネットを参照してください。